关于您在医院工作12年所签临时工协议是否有效的问题，结论需分情况讨论，具体分析如下：

1. 协议效力需结合签订时间与法律修订判断

• 若协议签订于2008年《劳动合同法》实施前：
  根据1995年《劳动法》及当时政策，“临时工”与“正式工”的区分主要基于用工形式，但法律未直接否定临时工协议的效力。若协议内容符合当时法律规定（如明确工作内容、期限、报酬等），且双方实际履行，协议原则上有效，但您可能因长期用工关系被认定为事实劳动关系，享有相应权益（如社保、经济补偿等）。
• 若协议签订于2008年《劳动合同法》实施后：
  该法明确取消“临时工”概念，统一适用“劳动合同”。若医院仍以“临时工协议”名义签订合同，但实际符合劳动关系特征（如医院提供劳动条件、您接受管理、按月支付报酬等），协议可能被认定为无效或部分无效，法院会依据《劳动合同法》重新认定双方为劳动关系，您可主张未签书面劳动合同的双倍工资差额（若符合条件）、社保补缴等。

2. 长期用工关系下的法律后果

• 事实劳动关系认定：
  根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），若您持续为医院提供劳动、接受管理，且劳动报酬由医院支付，即使未签书面合同，双方仍构成事实劳动关系。此时，医院需承担用人单位的全部义务（如支付加班费、缴纳社保、支付经济补偿等）。
• 无固定期限劳动合同权利：
  若您在医院连续工作满10年，且未提出订立固定期限合同，根据《劳动合同法》第14条，您有权要求医院签订无固定期限劳动合同。若医院拒绝，您可申请劳动仲裁主张权利。

3. 协议内容合法性审查

• 排除无效条款：
  若协议中存在免除医院法定责任（如不缴社保）、排除劳动者权利（如放弃加班费）的条款，根据《劳动合同法》第26条，此类条款无效，不影响其他合法内容的效力。
• 程序合法性：
  若协议签订时存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，您可依据《民法典》第148-151条主张撤销协议，但需承担举证责任。

4. 实务建议

• 收集证据：
  保留工资条、工作证、考勤记录、同事证言等证据，证明您与医院存在长期劳动关系。
• 协商或仲裁：
  若医院拒绝承认劳动关系或拒绝补缴社保，您可向当地劳动监察大队投诉，或直接申请劳动仲裁，主张确认劳动关系、补缴社保、支付经济补偿等。
• 时效注意：
  劳动仲裁时效为1年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若涉及社保补缴，部分地区可能不受1年限制，但建议尽快行动。

总结：临时工协议的效力需结合签订时间、协议内容及实际履行情况综合判断，但长期用工关系下，您大概率享有劳动者的完整权益。如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。