结论：领导因员工长期上班迟到而扣绩效是否合理，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及迟到行为的严重性等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到与绩效扣除的关联，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论）、公示或告知劳动者，那么该规章制度是合法的，可以作为管理依据。
劳动合同内容：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了迟到与绩效扣除的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款是有效的，双方应遵守。
二、迟到行为的严重性
轻微迟到：
- 如果迟到行为轻微，且未对公司造成实质性损失，领导直接扣除绩效可能缺乏合理性。此时，公司应首先采取警告、教育等措施，而非直接扣除绩效。
严重迟到或屡教不改：
- 如果迟到行为严重，如频繁迟到、长时间迟到，或经警告后仍屡教不改，且对公司造成了实质性损失（如影响生产进度、客户满意度等），那么领导扣除绩效可能具有一定的合理性。但即便如此，扣除的绩效也应与迟到行为造成的损失相当，不能过度处罚。
三、法律建议
审查规章制度与劳动合同：
- 员工应首先审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于迟到与绩效扣除的约定。如果认为相关条款不合法或不合理，可以向公司提出异议或寻求法律帮助。
与公司沟通协商：
- 如果员工认为领导扣除绩效的行为不合理，可以与公司进行沟通协商，表达自己的观点和诉求。在沟通过程中，员工应保持冷静和理性，提供充分的证据和理由来支持自己的观点。
寻求法律救济：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据来证明自己的主张，如考勤记录、工资单、规章制度等。
四、可能的法律后果
如果公司规章制度或劳动合同合法有效：
- 且员工确实存在迟到行为，那么领导扣除绩效的行为可能被视为合法合理的管理措施。员工应接受相应的处罚，并努力改正自己的行为。
如果公司规章制度或劳动合同存在违法或不合理之处：
- 或者领导扣除绩效的行为过度处罚、缺乏合理性，那么员工有权要求公司撤销该处罚决定，并可能获得相应的经济补偿。
总结：领导因员工长期上班迟到而扣绩效是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及迟到行为的严重性等因素进行综合判断。如果员工认为该行为不合理，可以通过与公司沟通协商或寻求法律救济等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。