迟到被扣工资是否合理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度为你进行的分析：

合法情况

1. 规章制度明确且合理：

   • 用人单位必须依法制定完善的规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。这一制度需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者，确保员工知晓并理解。
   • 扣薪标准应合理设定，不能过高，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 员工无故迟到且造成损失：

   • 若员工无故迟到，且该迟到行为确实给用人单位造成了直接的经济损失（如重要业务洽谈失败、生产环节延误等），用人单位有权按照劳动合同约定或规章制度要求员工赔偿，并从其工资中扣除相应部分。但同样需遵守上述扣除限额的规定。

3. 不存在合理免责事由：

   • 员工迟到若不存在不可抗力等合理免责事由（如自然灾害、突发疾病、交通堵塞等），用人单位在合理范围内扣工资是合法的。

不合法情况

1. 规章制度不合法或未公示：

   • 若用人单位的规章制度制定程序不合法，如未与职工协商、未公示等，或者规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益，则这样的规章制度对劳动者不具有法律约束力，迟到扣工资的行为可能不合法。

2. 扣薪标准不合理：

   • 若扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除比例明显不合理，超出法定限制，这样的扣工资行为也是不合法的。

3. 存在合理免责事由：

   • 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，用人单位仍扣工资则属于不合法行为。

劳动者权益保护建议

• 与用人单位沟通协商：若你认为用人单位迟到扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据，并纠正错误做法。
• 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：协商不成时，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，记得提供相关证据，如工资条、规章制度、迟到记录等，以支持你的主张。

总结来说，迟到被扣工资的合法性取决于用人单位的规章制度、扣薪标准的合理性以及是否存在合理免责事由等多个因素。作为劳动者，你有权了解自己的权益和义务，并在遭遇不公正待遇时及时寻求法律援助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。