您好，关于您提到的“工伤认定书不是由用人单位办理怎么办”的问题，我可以给您详细解答。

首先，需要明确的是，工伤认定申请的主体并不局限于用人单位。根据相关规定，除了用人单位之外，职工本人、职工的近亲属以及工会组织也都有权提出工伤认定申请。

具体来说，当职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病时，所在单位应当在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是用人单位的责任和义务。

然而，如果用人单位没有按照规定提出工伤认定申请，那么工伤职工或者其近亲属、工会组织就有权在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，向用人单位所在地的统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

因此，如果您发现工伤认定书不是由用人单位办理的，这并不意味着申请无效或者存在问题。只要申请是由符合规定的主体（如职工本人、近亲属或工会组织）在规定的时限内提出的，并且符合工伤认定的相关条件和程序，那么这份工伤认定书就是有效的。

如果您对工伤认定书的具体内容或者办理过程有任何疑问或者需要进一步的帮助，建议您及时咨询当地的社会保险行政部门或者专业的法律人士，他们可以提供更详细、更专业的解答和指导。