针对您提出的“用人单位提起诉讼不认定工伤认定书怎么办理”的问题，这实际上涉及到了两个层面的操作：一是用人单位不申请工伤认定时的应对措施，二是当用人单位对工伤认定结果有异议并提起诉讼时的处理办法。以下我将结合这两方面，为您提供一个清晰、详细且具有深度的解答。
一、用人单位不申请工伤认定时的应对措施
明确申请权利与时限：
- 根据《工伤保险条例》，若用人单位未在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内提出工伤认定申请，受伤职工或其近亲属、工会组织有权在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
准备申请材料：
- 工伤认定申请表：详细记录事故发生的时间、地点、原因及伤害程度。
- 劳动关系证明材料：如劳动合同、工资发放记录等，以证明与用人单位的劳动关系。
- 医疗机构出具的诊断证明或职业病诊断证明书：确认伤害性质。
正式提交申请：
- 将准备好的材料提交至用人单位所在地的社会保险行政部门，启动工伤认定程序。
配合调查与核实：
- 社会保险行政部门受理后，将对提供的证据进行调查核实。受伤职工或其近亲属、工会组织应积极配合，提供所需的情况和证明材料。
等待认定结果：
- 社会保险行政部门应在受理申请之日起60日内作出工伤认定决定（特殊情况除外）。
二、用人单位对工伤认定结果有异议并提起诉讼时的处理办法
理解诉讼背景：
- 用人单位若对工伤认定结果有异议，可能会依法提起行政诉讼，要求撤销或变更工伤认定决定。
应对不服决定的措施：
- 行政复议：在收到工伤认定决定后，若认为该决定有误，可先依法申请行政复议，要求上级行政机关审查。
- 行政诉讼：若对行政复议结果不满意，或未选择行政复议而直接选择诉讼，可在规定期限内向人民法院提起行政诉讼。
准备诉讼材料：
- 收集并整理所有与工伤认定相关的证据材料，包括工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明、事故现场的证人证言等。
- 准备法律文书，如起诉状、答辩状等，明确自己的诉讼请求和理由。
参与诉讼过程：
- 积极配合法院的审理工作，按时出庭，提供证据，陈述事实和理由。
- 尊重法院的判决结果，若对判决有异议，可依法提起上诉。
关注后续鉴定与赔偿：
- 若工伤认定最终被确认，职工可在伤情稳定后向市级劳动能力鉴定委员会申请鉴定，评定伤残等级。
- 根据鉴定结果享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用、康复费用、一次性伤残补助金等。
- 若用人单位未依法缴纳工伤保险费，需承担全部的工伤保险待遇支付责任。
三、综合建议
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与工伤相关的证据材料，以支持自己的主张。
- 了解法律：熟悉《工伤保险条例》等相关法律法规，以便在必要时及时申请工伤认定并享受相应的工伤保险待遇。
- 寻求帮助：若对法律程序不熟悉或感到困惑，可寻求专业律师或法律援助机构的帮助。
综上所述，当用人单位不申请工伤认定或对工伤认定结果有异议并提起诉讼时，受伤职工或其近亲属、工会组织应通过多种途径积极维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。