结论：招标文件中未涉及履约保证金，但在合同中约定，这一做法本身并不违法，但具体是否合法有效还需根据合同内容、双方意思表示以及相关法律法规进行综合判断。

分析说明：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容，包括履约保证金的条款。
   • 因此，即使招标文件中未提及履约保证金，合同双方仍可以在合同中约定相关条款，这是合同自由原则的体现。

2. 合同内容的一致性：

   • 虽然招标文件和合同是两个独立的法律文件，但它们在招投标活动中是相互关联的。招标文件通常作为合同订立的基础，对合同内容有一定的引导作用。
   • 如果合同中约定的履约保证金条款与招标文件的精神或原则相悖，或者对投标人造成了不公平的待遇，那么该条款可能会因违反公平、公正原则而被认定为无效。但这种情况并不常见，且需要具体案件具体分析。

3. 履约保证金的合法性：

   • 履约保证金本身是一种合法的担保方式，用于确保合同一方能够按照合同约定履行其义务。
   • 只要合同中约定的履约保证金条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，且双方意思表示真实，那么该条款就是合法有效的。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，为了避免纠纷和争议，建议招标人在招标文件中明确是否要求投标人提供履约保证金，以及履约保证金的金额、形式、退还条件等具体条款。
   • 如果招标文件中未涉及履约保证金，而合同中约定了相关条款，那么双方应在签订合同前充分沟通，确保对条款的理解一致，并明确各自的权利和义务。

法律建议：

• 对于招标人而言，如果希望在合同中约定履约保证金条款，最好在招标文件中提前明确相关要求，以避免后续合同谈判中的争议和纠纷。
• 对于投标人而言，在签订合同前应仔细阅读合同条款，特别是关于履约保证金的部分，确保自己能够理解和接受相关条款，并在必要时与招标人进行沟通协商。
• 如果双方在履约保证金条款上存在争议或纠纷，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。

后续行动：

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