结论：合同中不接受支票作为履约保证金与招标文件要求不一致，这种做法的合规性需分情况讨论，一般情况下可能存在合规风险，但在特定条件下也可能被认定为合规。
- 从招标投标法律法规角度分析
- 通常情况下的合规风险：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招标文件是招标过程中具有法律效力的文件，对招标人和投标人均具有约束力。招标文件明确要求履约保证金可以接受支票，这意味着投标人在响应招标时，是基于这一条件进行投标报价和准备履约相关事宜的。如果合同中突然改变这一要求，不接受支票，这实际上是对招标文件实质性内容的变更。这种变更可能会损害投标人的合法权益，破坏公平竞争的招标投标环境，违反了法律法规中关于招标投标活动应当遵循公平、公正、公开和诚实信用原则的规定，因此一般情况下是不合规的。
- 例外情况：如果在招标过程中，招标人已经通过合法的方式（如在招标文件中明确规定合同签订时可对履约保证金形式进行合理调整，并说明调整的条件和程序等）为后续合同中变更履约保证金形式预留了空间，并且在变更时严格按照预先规定的条件和程序进行操作，同时得到了投标人的认可（例如通过补充协议等形式），那么这种变更可能是合规的。
- 从合同法律关系角度分析
- 合同自由原则与限制：合同双方在订立合同过程中享有一定的自由，可以在不违反法律法规强制性规定的前提下协商确定合同条款。然而，在招标投标形成的合同关系中，合同自由受到一定的限制。因为招标投标活动本身是一种特殊的交易方式，其目的是通过公开、公平、公正的竞争机制确定中标人并签订合同。如果合同条款与招标文件存在重大不一致，尤其是涉及投标人核心利益（如履约保证金形式）的条款，可能会被认定为违反了招标投标活动的本质要求，从而影响合同的效力。
- 合同变更的合法性：即使合同双方协商一致对合同条款进行变更，但如果这种变更损害了国家利益、社会公共利益或者第三人利益，或者违反了法律法规的强制性规定，那么这种变更也是无效的。在上述案例中，如果合同中不接受支票作为履约保证金的变更导致投标人面临不合理的风险或者增加了其负担，且没有合理的理由和合法的程序支持，那么这种变更可能被认定为无效，合同仍然应按照招标文件的要求执行。
建议：为了避免法律风险和纠纷，招标人在招标过程中应尽量确保招标文件的准确性和完整性，避免在合同签订阶段对招标文件的实质性内容进行随意变更。如果确实需要对履约保证金形式等重要条款进行变更，应提前在招标文件中明确变更的条件和程序，并在变更时严格按照规定操作，确保变更的合法性和合理性。投标人在参与招标投标活动时，也应仔细阅读招标文件，关注其中关于履约保证金等重要条款的规定，并在合同签订阶段对合同条款与招标文件的一致性进行审查，如发现不一致情况，应及时与招标人沟通协商，维护自身合法权益。
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