结论：招标文件未约定履约保证金，而合同中增加了该条款，并不必然违法，但需根据具体情况判断其合法性。以下从不同角度进行分析：

一、合同自由原则与履约保证金条款的合法性

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括但不限于合同的标的、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、违约责任等。因此，在合同中增加履约保证金条款，从原则上讲，是合同双方自由意志的体现，并不违反法律规定。

2. 履约保证金的性质：履约保证金是合同一方为了确保合同的履行而向另一方提供的一种担保方式。其目的在于约束合同双方的行为，确保合同能够按照约定顺利履行。在合同中增加履约保证金条款，可以视为是对合同履行的一种额外保障，有助于增强合同的稳定性和可靠性。

二、招标文件与合同条款不一致时的处理

1. 招标文件的性质：招标文件是招标人向潜在投标人发出的邀请其参加投标的文件，其中包含了招标项目的详细信息、投标要求、评标标准等。招标文件通常被视为要约邀请，而非要约本身。因此，招标文件中的条款并不直接构成合同的内容。

2. 合同条款的优先性：在合同签订过程中，如果招标文件中的条款与合同条款存在不一致或冲突的情况，通常应以合同条款为准。因为合同是双方当事人经过协商一致后达成的协议，具有更高的法律效力和约束力。因此，即使招标文件中未约定履约保证金，但合同中增加了该条款，只要双方当事人自愿且合法地达成了协议，该条款就是有效的。

三、可能存在的违法情形及判断标准

1. 违反法律法规的强制性规定：如果合同中增加的履约保证金条款违反了法律法规的强制性规定，如超过了法定限额、违反了担保法的相关规定等，则该条款可能被认定为无效。但在此情况下，需要具体分析相关法律法规的规定以及合同条款的具体内容。

2. 显失公平或欺诈胁迫：如果合同中增加的履约保证金条款是在一方当事人利用优势地位或对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形下订立的，且该条款显失公平或存在欺诈、胁迫等情形，则该条款可能被撤销或认定为无效。但这种情况需要具体的证据支持，并经过法律程序的认定。

四、建议与风险提示

1. 审查合同条款：在签订合同时，双方当事人应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规且符合双方的意愿。特别是对于履约保证金等涉及双方权益的重要条款，应进行充分的协商和明确约定。

2. 保留相关证据：在合同履行过程中，双方当事人应妥善保留与合同履行相关的证据材料，如付款凭证、收据、往来函件等。这些证据材料在发生纠纷时将起到至关重要的作用。

3. 寻求法律帮助：如果双方当事人在合同履行过程中发生纠纷或争议，且无法通过协商解决时，应及时寻求法律帮助。可以咨询专业律师或向相关仲裁机构、法院提起诉讼或仲裁申请，以维护自身的合法权益。

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