核心结论：工厂因迟到扣钱而离职时，工资一般应当在离职时当场结清，但具体是否当场结清还需根据工厂的实际操作和双方协商情况来确定。
法律分析：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。在劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清劳动者工资。这意味着，无论员工离职的原因是什么，工厂都应当在员工离职时结清其全部工资，无权因迟到等理由扣钱（除非劳动合同或工厂规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定）。
实际操作：
- 尽管法律有明确规定，但在实际操作中，工厂可能因各种原因（如财务流程、工资计算等）无法当场结清工资。这种情况下，工厂应当与员工协商确定一个合理的支付时间，并尽快支付。
- 如果工厂拒绝支付或拖延支付，员工有权依法申请调解、仲裁或提起诉讼，要求工厂支付拖欠的工资及可能的经济补偿和赔偿金。
特殊情况：
- 如果员工的迟到行为确实违反了工厂的规章制度，且该规章制度是合法有效的（即经过民主程序制定、已向员工公示、不违反法律法规的强制性规定），工厂有权根据规章制度对员工进行相应的处罚，如扣减部分工资。但这种处罚应当合理，且不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果工厂因员工迟到而扣减的工资超过了合理范围，或者工厂没有合法的规章制度作为依据，那么工厂的行为就可能构成违法克扣工资，员工有权要求工厂返还被扣减的工资。
建议：
- 与工厂协商：如果工厂因迟到扣钱而离职时未能当场结清工资，建议首先与工厂进行协商，了解工资支付的具体时间和方式。
- 保留证据：在协商过程中，注意保留相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、工厂规章制度等），以便在出现争议时有据可依。
- 依法维权：如果工厂拒绝支付或拖延支付工资，或者扣减的工资超过了合理范围，建议及时向当地的劳动监察机构投诉或提起劳动仲裁/诉讼，依法维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果工厂违反法律规定克扣或拖欠工资，可能会面临劳动行政部门的处罚（如责令支付工资、罚款等），并可能需要向员工支付经济补偿和赔偿金。
- 如果员工因工厂克扣或拖欠工资而提起诉讼或仲裁，且最终胜诉，工厂还需要承担诉讼费用或仲裁费用等额外成本。
总之，工厂因迟到扣钱而离职时，工资一般应当在离职时当场结清。如果工厂未能按时结清工资或扣减的工资超过了合理范围，员工有权依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。