结论：单位以只上几天班为由把单位应缴部分从员工工资中扣除，这种做法通常是不合理的，且可能违反相关法律法规。
分析：
社会保险缴纳义务：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。这意味着，无论员工工作了多少天，单位都有义务为其缴纳社会保险费中的单位应缴部分。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。单位将应缴的社会保险费从员工工资中扣除，实际上构成了对员工工资的克扣，这是不合法的。
特殊情况处理：
- 如果员工确实只工作了几天，且双方协商一致，单位可以在支付工资时，按照实际工作天数计算并支付工资，但这并不意味着单位可以扣除应缴的社会保险费。社会保险费的缴纳是基于劳动关系存在的，与员工实际工作天数无关。
法律后果：
- 如果单位违反规定，扣除员工工资中的社会保险费部分，员工有权向劳动监察部门投诉，要求单位补缴社会保险费并支付被克扣的工资。同时，单位还可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款等。
建议：
- 与单位协商：首先，你可以尝试与单位进行协商，明确表达你的诉求和法律依据，要求单位停止这种不合理的做法，并补缴社会保险费和支付被克扣的工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，提供相关证据（如工资条、劳动合同等），要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 寻求法律援助：在处理过程中，如果你遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和支持。
示例：
假设你只工作了5天，单位就以只上几天班为由，将单位应缴的社会保险费从你的工资中扣除。这种情况下，你可以先与单位沟通，明确指出单位的做法违反了相关法律法规，并要求单位补缴社会保险费和支付被克扣的工资。如果单位拒绝改正，你可以向当地的劳动监察部门投诉，并提供相关证据来支持你的诉求。