结论：员工只上了13天班，公司扣除其他应由公司承担的部分费用，这一做法通常是不合理的。具体是否合理，需结合实际情况和合同条款来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和工资支付的角度
劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间和劳动报酬等事项。如果劳动合同中明确规定了员工的工资构成，包括基本工资、奖金、津贴等，并且没有约定在员工未满勤时公司可以扣除其他应由公司承担的费用，那么公司扣除这部分费用就是不合法的。
工资支付原则：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。公司扣除员工工资中的其他应由公司承担的部分，实际上是对员工工资的克扣，这违反了工资支付的原则。
二、从公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 如果公司规章制度中明确规定了员工未满勤时公司可以扣除其他应由公司承担的费用，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么该规章制度在合法范围内对员工具有约束力。但即便如此，扣除的费用也应当合理，且不能违反法律法规的强制性规定。
规章制度合理性：
- 即使公司规章制度中有相关规定，也需要考虑其合理性。如果扣除的费用过高，或者与员工未满勤的情况不成比例，那么这种扣除仍然可能是不合理的。
三、从实际操作和公平性的角度
实际操作：
- 在实际操作中，公司应当根据员工的实际出勤情况和劳动合同、规章制度的约定来支付工资。如果员工只上了13天班，公司应当按照实际出勤天数来计算工资，而不是扣除其他应由公司承担的费用。
公平性：
- 从公平性的角度来看，员工只上了13天班，已经为公司提供了一定的劳动服务，公司应当支付相应的劳动报酬。扣除其他应由公司承担的费用，对员工来说是不公平的。
四、建议与行动
与公司沟通：
- 如果员工遇到这种情况，首先应当与公司进行沟通，了解公司扣除费用的具体原因和依据。如果公司无法提供合理的解释和依据，员工可以拒绝接受这种扣除。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
举例说明：假设员工与公司签订的劳动合同中明确规定了月工资为5000元，且没有约定未满勤时公司可以扣除其他费用。员工只上了13天班，按照实际出勤天数计算，公司应当支付员工约2167元（5000元/30天*13天）。如果公司扣除其他应由公司承担的费用后，只支付了员工1000元，那么这种扣除就是不合法的。
总结：员工只上了13天班，公司扣除其他应由公司承担的部分费用，这一做法通常是不合理的。员工应当了解自己的权益和法律法规的规定，与公司进行沟通并寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。