结论：用人单位以员工需要吃饭休息为由，在员工每班打卡上班13小时的情况下扣除两小时，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，若扣除的两小时属于合理的休息时间且符合法律规定，则可能是合法的；但若扣除的两小时并非合理的休息时间或违反了相关法律规定，则是不合法的。

分析说明：

1. 合理休息时间的扣除：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者在工作过程中享有合理的休息时间。如果用人单位扣除的两小时确实是员工用于吃饭和休息的时间，并且这段时间是合理的、必要的，且符合行业惯例或劳动合同中的约定，那么这种扣除可能是合法的。
   • 举例：假设一个员工的工作性质需要长时间连续工作，但中间需要安排合理的吃饭和休息时间，用人单位在计算工作时间时扣除这部分时间，是合理的。

2. 非法扣除工作时间：

   • 如果用人单位扣除的两小时并非员工用于吃饭和休息的时间，或者扣除的时间过长，超出了合理范围，或者违反了劳动合同中的约定或相关法律规定，那么这种扣除就是非法的。
   • 法律规定：根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。如果员工实际工作时间（扣除休息时间后）超过了这一标准，用人单位可能需要支付加班费或面临其他法律责任。
   • 举例：如果员工实际工作了13小时，但用人单位扣除了两小时作为“休息时间”，而实际上员工并没有得到相应的休息，或者扣除的两小时中包含了非休息时间，那么这种扣除就是非法的。

3. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同和用人单位的规章制度也是判断扣除时间是否合法的重要依据。如果劳动合同或规章制度中明确规定了工作时间和休息时间的安排，以及扣除时间的条件和方式，那么用人单位应按照这些规定执行。
   • 建议：员工应仔细阅读劳动合同和用人单位的规章制度，了解自己的工作时间和休息时间安排，以及扣除时间的条件和方式。

法律建议：

• 如果员工认为用人单位扣除的时间不合法，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位提供合理的解释和依据。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如打卡记录、工作安排通知、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

后续行动：

• 员工应仔细审查自己的工作时间和扣除时间的情况，确保自己的权益不受侵害。
• 如有需要，员工可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和帮助。