结论：单位上班一天12小时，吃饭还要扣除一个小时的做法，在大多数情况下是不合理的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从劳动合同和公司规章制度的角度分析
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了工作时间、休息时间以及工资计算方式，并且这些规定符合法律法规的要求，那么单位扣除吃饭时间是否合理，就需要依据劳动合同的具体内容来判断。
- 若劳动合同中未明确提及扣除吃饭时间，或者规定与实际情况不符，单位单方面扣除吃饭时间可能构成违约。
公司规章制度：
- 公司规章制度应当合法、合理，并且经过民主程序制定和公示。如果规章制度中明确规定了扣除吃饭时间的做法，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位可能有一定的合理性依据。
- 但如果规章制度未经民主程序制定或公示，或者规定本身违反法律法规，那么单位扣除吃饭时间的做法就是不合法的。
二、从法律法规的角度分析
工作时间规定：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果单位安排劳动者每天工作12小时，显然超过了法定工作时间。
- 即使考虑加班情况，单位也需要按照法律规定支付加班费，并且不能随意扣除劳动者的休息时间。
工资计算规定：
- 工资应当按照劳动者实际提供劳动的时间来计算。如果单位扣除吃饭时间，但并未在劳动合同或规章制度中明确说明，或者扣除的时间不合理，那么这种做法可能违反了工资计算的规定。
- 劳动者有权要求单位按照实际工作时间支付工资，如果单位拒绝支付或扣除不合理时间，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益。
三、具体建议
与单位协商：
- 劳动者可以首先与单位进行协商，明确工作时间、休息时间以及工资计算方式等事项，争取达成合理的协议。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求单位纠正不合理的做法，并支付应得的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门未能解决问题，或者劳动者对处理结果不满意，可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
举例说明：假设劳动者小李每天工作12小时，但单位扣除1小时的吃饭时间，并且未在劳动合同或规章制度中明确说明。这种情况下，小李有权要求单位按照实际工作时间（即12小时）支付工资。如果单位拒绝支付或扣除不合理时间，小李可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
最后，每个具体情况可能有所不同，如果你有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。