结论：工作12小时但算作11小时，并扣除吃饭1小时是否违法，需根据具体情况判断，若扣除的1小时是合理的用餐时间且员工实际工作时间未超法定标准，则不违法；若扣除不合理或实际工作时间超标，则可能违法。

分析说明：

1. 合理扣除用餐时间的情况：

   • 法律依据：根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间一般不超过8小时，平均每周不超过44小时。若因工作性质或生产特点需要延长工作时间，需与劳动者协商并支付加班费。同时，劳动者享有合理的休息和用餐时间，这部分时间通常不计入工作时间。
   • 具体情形：如果员工实际工作了12小时，但其中包含了1小时的合理用餐时间，且这1小时是员工自由支配、未被安排工作的，那么将这1小时扣除，算作员工实际工作了11小时（即扣除用餐时间后的工作时间），在符合法定工作时间限制的前提下，是不违法的。

2. 不合理扣除或超时工作的情况：

   • 不合理扣除：如果扣除的1小时并非员工实际的用餐时间，或者员工在这1小时内被安排了工作（如边吃饭边工作），那么这种扣除就是不合理的，可能构成对员工权益的侵害。
   • 超时工作：即使扣除了1小时的用餐时间，如果员工实际的工作时间（包括加班）仍然超过了法定的工作时间限制（如每日超过8小时或每周超过44小时），那么这种超时工作也是违法的，员工有权要求用人单位支付加班费或采取其他补救措施。

行动建议：

• 员工角度：如果你认为自己的工作时间被不合理扣除或存在超时工作的情况，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确工作时间和加班费的支付问题。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 用人单位角度：建议用人单位严格遵守《劳动法》及相关规定，合理安排员工的工作时间和休息时间，确保员工的合法权益不受侵害。同时，应建立健全的考勤和加班管理制度，明确工作时间的计算方式和加班费的支付标准，避免因管理不善而引发的劳动纠纷。

举例说明：

假设某员工每天实际工作12小时，其中包含1小时的用餐时间。如果这1小时是员工自由支配、未被安排工作的，且员工每天的工作时间（扣除用餐时间后）未超过8小时，那么这种扣除就是合理的，不违法。但如果这1小时员工被安排了工作，或者员工每天的工作时间（扣除用餐时间后）超过了8小时，那么这种扣除就是不合理或超时的，可能构成违法。