结论：是否合法需分情况讨论，主要取决于劳动合同或规章制度中的约定以及实际工作时长是否符合法律规定。

详细分析：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定：

   • 如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了每天扣除一小时作为吃饭时间，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已经知晓并同意这一规定，那么这种做法通常是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以协商确定工作时间、休息休假等事项。只要双方达成一致，且不违反法律强制性规定，即具有法律效力。

2. 实际工作时长未超法定标准：

   • 即使每天扣除一小时吃饭时间，只要员工的实际工作时长（不包括吃饭时间）不超过法定的工作时间标准（如每日8小时，每周40小时），这种做法也是合法的。
   • 举例说明：假设员工每天工作9小时，但其中1小时为吃饭时间，实际工作时长为8小时，未超过法定标准，因此合法。

3. 实际工作时长超法定标准且未支付加班费：

   • 如果每天扣除一小时吃饭时间后，员工的实际工作时长超过了法定标准，且用人单位未按照法律规定支付加班费，那么这种做法就是违法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 举例说明：假设员工每天工作10小时，其中1小时为吃饭时间，实际工作时长为9小时，超过了法定8小时的标准，且用人单位未支付加班费，那么这种做法就是违法的。

4. 未在劳动合同或规章制度中明确约定：

   • 如果劳动合同或公司的规章制度中没有明确规定每天扣除一小时作为吃饭时间，或者员工在入职时并不知晓这一规定，那么用人单位单方面扣除一小时吃饭时间可能构成违法行为。
   • 建议：在这种情况下，员工可以与用人单位进行协商，要求明确工作时间和休息时间，或者要求用人单位支付因扣除吃饭时间而产生的加班费。

法律建议：

• 作为员工，应仔细阅读劳动合同和公司的规章制度，了解自己的工作时间和休息时间安排。
• 如果发现用人单位存在违法行为，如实际工作时长超过法定标准且未支付加班费等，应及时与用人单位进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉举报。
• 作为用人单位，应遵守国家法律法规的强制性规定，合理确定员工的工作时间和休息时间，并确保员工的合法权益得到保障。

后续行动：

• 如果你作为员工遇到了类似问题，可以先与用人单位进行沟通协商，了解具体情况并寻求解决方案。
• 如果沟通无果或者用人单位存在违法行为，你可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者寻求法律援助和咨询。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。