结论：综合计算工时工作制下扣除员工吃饭时间是否违法，需根据具体情况判断，若扣除后员工实际工作时间未超过法定标准，且符合相关规定，则不违法；反之则可能违法。以下从不同角度详细分析：
一、综合计算工时工作制的基本规定
综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于“综合计算”，即在一个计算周期内，总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班工资。
二、吃饭时间是否应计入工作时间
若吃饭时间属于休息时间：
- 在综合计算工时工作制下，如果吃饭时间被明确视为休息时间，且该休息时间不计入工作时间，那么只要在一个计算周期内，员工的总实际工作时间（不包括吃饭时间）未超过总法定标准工作时间，就不构成违法。
- 法律依据：虽然具体法律法规未直接规定吃饭时间是否计入工作时间，但根据《劳动法》关于工作时间和休息休假的规定，以及综合计算工时工作制的原理，可以合理推断，在符合相关规定的前提下，吃饭时间可以不计入工作时间。
若吃饭时间被计入工作时间：
- 如果吃饭时间被计入工作时间，且在一个计算周期内，员工的总实际工作时间（包括吃饭时间）超过了总法定标准工作时间，那么用人单位就构成了违法，需要支付加班工资。
- 特殊情况：在某些特殊情况下，如员工在吃饭时间仍需保持工作状态或随时待命，那么这段时间应被视为工作时间，并计入总实际工作时间。
三、合法扣除吃饭时间的条件
规章制度明确：
- 用人单位应在规章制度中明确规定吃饭时间不计入工作时间，并告知员工。这是确保扣除吃饭时间合法性的前提。
实际执行合规：
- 在实际执行过程中，用人单位应确保员工的总实际工作时间（不包括吃饭时间）未超过总法定标准工作时间。同时，应合理安排员工的吃饭时间，避免影响员工的身体健康和工作效率。
尊重员工权益：
- 用人单位在扣除吃饭时间时，应尊重员工的合法权益，不得通过扣除吃饭时间来变相延长员工的工作时间或降低员工的工资水平。
四、违法扣除吃饭时间的法律后果
如果用人单位违法扣除员工的吃饭时间，导致员工的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，那么用人单位将面临以下法律后果：
支付加班工资：
- 用人单位需要按照法律规定支付员工加班工资。加班工资的计算标准通常根据员工的工资水平和加班时间来确定。
行政处罚：
- 劳动行政部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并给予相应的行政处罚，如罚款、责令改正等。
民事赔偿：
- 如果用人单位的违法行为给员工造成了损失，员工还有权要求用人单位承担民事赔偿责任。
建议：作为员工，如果发现用人单位违法扣除吃饭时间，可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁；对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。作为用人单位，应严格遵守相关法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间，确保员工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。