结论：公司上班吃饭扣时间是否合理，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及是否违反法律法规等因素。

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 情况说明：如果公司的规章制度或与员工签订的劳动合同中明确规定了吃饭时间不计入工作时间，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司扣除吃饭时间可能是合理的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，包括工作时间的安排。但前提是这些规定必须合法、合理，并且已经告知员工或经过员工同意。
   • 建议：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间的部分，确保自己的权益不受侵害。如果对公司扣除吃饭时间的做法有疑问，可以与公司人力资源部门沟通，了解具体规定和依据。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定违反法律法规：

   • 情况说明：如果公司没有明确的规章制度或劳动合同中没有相关约定，或者规定的扣除吃饭时间的方式违反了国家法律法规的强制性规定（如每天工作时间超过法定时长、未保证员工休息时间等），那么公司扣除吃饭时间的做法可能是不合理的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，该法还规定了劳动者享有休息休假的权利。如果公司扣除吃饭时间导致员工实际工作时间超过法定时长，或者未保证员工足够的休息时间，就可能违反了这些规定。
   • 建议：员工在这种情况下可以与公司协商，要求公司调整工作时间安排或支付相应的加班费。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 情况说明：在某些特殊行业或岗位（如餐饮、医疗等），由于工作性质的特殊性，员工可能需要连续工作较长时间，包括吃饭时间。在这种情况下，公司可能会通过轮班、调休等方式来保障员工的休息时间，而不是简单地扣除吃饭时间。
   • 建议：对于这类特殊行业或岗位的员工，应了解公司的具体工作安排和休息时间保障措施，确保自己的权益不受侵害。如果公司未能提供合理的休息时间保障，员工同样可以向相关部门投诉或申请劳动仲裁。

总结与进一步思考：公司上班吃饭扣时间是否合理，需根据具体情况来判断。员工在面对这种情况时，应首先了解公司的规章制度和劳动合同中的相关约定，然后结合国家法律法规来判断公司的做法是否合法、合理。如果对公司做法有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以及时与公司沟通或寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。