结论：公司是否可以规定上班9小时扣1小时吃饭时间，需根据具体情况判断，核心在于该规定是否合法合理，是否保障了员工的休息权益。以下从不同角度进行分析：
法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若公司规定上班9小时，则已超出法定工作时间。
- 超出部分应视为加班，公司需支付加班费或安排补休。若公司直接扣除1小时作为吃饭时间，且未支付加班费或安排补休，则可能违反法律规定。
休息权益保障角度：
- 员工有权享受合理的休息和用餐时间。若公司扣除的1小时确实用于员工用餐，且用餐时间合理（如通常不少于30分钟），且公司未因此减少员工应得的工资或福利，则该规定可能在一定程度上被接受。
- 但若公司扣除的1小时不仅用于用餐，还包含了其他非用餐时间的活动，或用餐时间过短，影响了员工的正常休息和用餐权益，则该规定可能不合理。
公司规章制度合法性角度：
- 公司的规章制度需符合法律法规的规定，且需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者公示或告知。
- 若公司规定上班9小时扣1小时吃饭时间，但未经过民主程序制定，或未向劳动者公示或告知，则该规定可能无效。
实际操作建议角度：
- 对于员工而言，若认为公司规定不合理，可与公司协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应合理制定工作时间和休息制度，确保符合法律法规的规定，并保障员工的休息权益。若需扣除用餐时间，应明确告知员工，并确保用餐时间合理且不影响员工的正常休息和用餐权益。
具体案例与法律解释：
- 假设某公司规定员工每日上班9小时，扣除1小时作为吃饭时间，但未支付加班费或安排补休。在此情况下，员工有权要求公司支付加班费或安排补休，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 另一假设是，公司规定员工每日上班9小时，但明确告知员工其中1小时为用餐时间，且用餐时间合理（如45分钟），并确保员工在此期间能够正常用餐和休息。同时，公司未因此减少员工应得的工资或福利。在此情况下，该规定可能在一定程度上被接受，但仍需确保符合法律法规的其他规定（如民主程序制定、公示或告知等）。
总结与建议：
公司是否可以规定上班9小时扣1小时吃饭时间，需根据具体情况判断。建议公司在制定相关规定时，充分考虑法律法规的要求和员工的休息权益，确保规定的合法性和合理性。若员工对公司规定有疑问或不满，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。