结论：公司扣半小时吃饭费是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合法律法规规定以及劳动合同或公司规章制度的约定。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“工资”通常指的是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。
- 如果公司扣除的半小时吃饭费并未在劳动合同中明确约定，且该扣除导致劳动者实际工资低于当地最低工资标准或未足额支付劳动报酬，那么这种扣除可能是不合法的。
工作时间与休息休假：
- 劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周不超过四十四小时。同时，劳动者享有休息休假的权利，包括每日的休息时间和每周的休息日。
- 如果公司扣除的半小时吃饭时间被计入工作时间，且未给予劳动者相应的休息时间或补偿，那么这种扣除可能违反了工作时间与休息休假的规定。
二、劳动合同与公司规章制度层面
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了公司可以扣除半小时吃饭费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但需要注意的是，劳动合同中的约定必须明确、具体，且不得损害劳动者的合法权益。
公司规章制度：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果公司规章制度中规定了扣除半小时吃饭费，且该规定已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除在内部管理上可能是有效的。然而，如果规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么该规定将无效。
三、实际操作建议
核查劳动合同与规章制度：
- 劳动者应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，看是否有关于扣除吃饭费的明确约定或规定。
与公司沟通协商：
- 如果劳动者认为公司的扣除行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中规定，员工每日工作时间为八小时，其中包含半小时的吃饭时间，且该时间不计入工作时间。如果劳动合同中未对此进行明确约定，且该扣除导致员工实际工资低于当地最低工资标准或未足额支付劳动报酬，那么员工有权向公司提出异议，并寻求法律援助。
总结：公司扣半小时吃饭费是否合法，需根据具体情况判断。劳动者应首先核查劳动合同与规章制度，与公司进行沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。