员工上班扣一个钟吃饭时间是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工作时间、休息休假等条款。如果劳动合同中明确规定了员工每天的工作时间中包含了一个小时的吃饭时间，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除是合法的。
   • 同样，如果公司的规章制度中明确规定了员工每天的工作时间安排，包括吃饭时间，并且这一规章制度已经经过民主程序制定并公示，员工也已知晓并同意，那么这种扣除也是合法的。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定，但实际执行中扣除：

   • 在没有明确约定的情况下，如果公司单方面扣除员工一个小时的吃饭时间，并且没有给予相应的补偿或调整工作时间，那么这种扣除可能构成对员工权益的侵害。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者有获得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果扣除吃饭时间导致员工的实际工作时间减少，但工资并未相应调整，那么这种扣除是不合法的。

3. 关于工作时间和休息休假的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。如果扣除吃饭时间后，员工的实际工作时间超过了法定标准，那么这种扣除也是不合法的。
   • 同时，根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。如果扣除吃饭时间影响了员工的休息休假权益，那么这种扣除同样是不合法的。

建议与后果：

• 如果员工认为公司扣除吃饭时间的行为不合法，可以先与公司进行协商，要求公司给予相应的补偿或调整工作时间。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 如果劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼。

总结：员工上班扣一个钟吃饭时间是否合法，取决于劳动合同或规章制度中是否有明确约定，以及这种扣除是否违反了法律法规的强制性规定。在没有明确约定的情况下，公司单方面扣除吃饭时间可能构成对员工权益的侵害。如果遇到这种情况，员工可以通过协商、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。