关于“员工吃饭超时罚款是否合法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”可以回答，而是需要依据具体的法律法规和操作情况来综合判断。以下是对此问题的详细解析：
结论概述
在大多数情况下，餐饮店（或任何用人单位）因员工吃饭超时而对其进行罚款是不合法的，除非满足特定的法律条件。
不合法的情况分析
缺乏直接法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位并没有直接的罚款权。这意味着，餐饮店不能仅凭自己的意愿或内部规定，就随意对员工进行罚款，特别是因吃饭超时这样的非故意或非重大过失行为。
规章制度未依法制定：
- 即使餐饮店试图通过内部规章制度来设立罚款措施，这些规章制度的制定也必须严格遵循法律程序。这包括与工会或职工代表进行平等协商，并向全体员工公示或告知。如果餐饮店没有遵循这些法定步骤，那么所设立的罚款规定将不具备法律效力，实施罚款即为不合法行为。
合法的情况探讨
- 员工造成经济损失的赔偿：
- 有一个例外情况是，如果员工因故意或重大过失（如故意破坏设备、严重违反操作规程等）导致餐饮店遭受经济损失，那么餐饮店有权要求员工进行赔偿。但这种赔偿必须是从员工工资中合理扣除，且每月扣除额不得超过员工当月工资的20%，同时扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。然而，这种情况并不适用于“吃饭超时”这样的非故意或非重大过失行为。
综合建议
对于餐饮店来说，管理员工时应谨慎使用罚款手段，并确保所有管理行为均符合法律法规的要求。为了避免法律风险，建议餐饮店：
- 完善内部管理制度，确保规章制度的制定与执行均符合法定程序；
- 明确员工行为规范及违规处理措施，并通过合法途径向员工公示；
- 在员工造成经济损失时（且是故意或重大过失导致的），依据相关法律法规合理追究赔偿责任；
- 如有必要，寻求专业法律顾问的帮助，以确保管理行为的合法性与合规性。
综上所述，餐饮店因员工吃饭超时而对其进行罚款，在大多数情况下是不合法的。为了维护良好的劳动关系和避免法律风险，餐饮店应采取更加合理和合法的管理方式。