结论：上班吃饭超时几分钟被罚款是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度的合法性及执行程序是否合规。以下是具体分析：

1. 公司是否有权制定“吃饭超时罚款”制度？
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位可依法制定规章制度，但需满足两个条件：

   • 内容合法：不得违反法律、行政法规的强制性规定（如罚款金额不得超过法定标准）；
     
   • 程序合法：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并公示或告知劳动者。
     若公司制度未履行上述程序，或罚款条款本身违法（如超出合理范围），则制度无效，罚款不合法。

2. 罚款金额是否合理？
   即使公司制度合法，罚款金额也需符合《工资支付暂行规定》第十六条：

   • 因劳动者原因造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%；
     
   • 若罚款与经济损失无关（如单纯因吃饭超时），则公司无权直接罚款，可能涉嫌克扣工资。
     例如：若员工月工资5000元，公司因吃饭超时罚款1000元，显然超出20%限额，属于违法。

3. 公司能否通过其他方式管理吃饭时间？
   若公司希望规范用餐时间，更合法的方式包括：

   • 将用餐时间计入工作时间（如午休1小时包含用餐，超时可能视为加班）；
     
   • 通过绩效考核、警告等方式管理（而非直接罚款）；
     
   • 在劳动合同或规章制度中明确用餐时间规则，并要求员工签字确认。
     

建议行动：

• 若您被罚款，可要求公司出示书面规章制度及罚款依据；
  
• 若制度违法或程序不合规，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张返还罚款；
  
• 若公司制度合法但罚款金额过高，可依据《工资支付暂行规定》主张权益。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、罚款金额等），可随时向我咨询，我会结合具体情况为您分析。