结论：公司扣员工加班小时是否合理，需结合具体情况判断，但仅因计划周期与满勤天数不一致就扣加班小时，通常缺乏合理性。以下从不同角度详细分析：

一、从劳动合同与规章制度的角度

1. 劳动合同约定优先
   若劳动合同中明确约定了“满勤天数”及“加班工资计算方式”（如“满勤21天，超出部分按1.5倍工资计算加班费”），则公司应按合同执行。若合同未约定或约定模糊，公司单方面扣减加班小时可能构成违约。
   示例：若合同写明“每月工作21天为满勤，超出部分按加班计算”，而员工实际出勤21天但包含14天计划内工作+7天加班，公司扣减7天加班小时即违法。

2. 规章制度需合法合规
   公司规章制度若规定“计划周期内未完成满勤则扣减加班小时”，需满足两个条件：

   • 程序合法：规章制度经职工代表大会或全体职工讨论协商确定，并公示或告知员工；
     
   • 内容合法：不得违反《劳动法》第44条（加班工资支付标准）及《劳动合同法》第4条（规章制度不得剥夺劳动者权利）。
     若规章制度未履行民主程序或内容违法，即使员工签字同意，该条款也可能被认定无效。

二、从加班工资计算的法律标准角度

1. 加班工资的法定计算方式
   根据《劳动法》第44条，加班工资应按以下标准支付：

   • 工作日加班：不低于工资的150%；
     
   • 休息日加班：不能补休的，不低于工资的200%；
     
   • 法定节假日加班：不低于工资的300%。
     公司扣减加班小时的本质是拒绝支付加班费，若员工能证明加班事实（如考勤记录、工作邮件等），公司行为违法。

2. “计划周期”与“满勤天数”的冲突处理
   若公司以“计划周期14天”为由主张员工未满勤，但实际员工在21天内完成了公司安排的工作任务（包括加班），则“计划周期”不能成为扣减加班工资的合法理由。
   法律依据：《劳动法》第36条规定“每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时”，公司无权单方面缩短“满勤”的法定标准。

三、从员工维权的角度

1. 收集证据是关键
   员工需保留以下证据：

   • 劳动合同（证明工资标准及加班条款）；
     
   • 考勤记录（证明实际出勤天数及加班时长）；
     
   • 工资条（证明公司是否支付加班费）；
     
   • 公司扣减加班小时的书面通知或聊天记录。

2. 维权途径

   • 协商：与公司HR或管理层沟通，要求补发加班工资；
     
   • 投诉：向当地劳动监察大队举报（电话：12333）；
     
   • 仲裁/诉讼：若协商无果，可申请劳动仲裁（时效1年），对仲裁结果不服可向法院起诉。

四、特殊情况说明

若公司能证明以下事实，扣减加班小时可能被认定合理：

1. 员工未完成基本工作任务：如合同约定“每月需完成X项任务为满勤”，但员工未完成，此时加班系因自身效率低下导致；
   
2. 员工主动申请调休：若员工同意将加班小时转为调休，且公司已安排调休，则无需支付加班费；
   
3. 不可抗力因素：如自然灾害导致公司停工，但此情况与“计划周期”无关。

建议：若您遇到此类问题，可先核对劳动合同及公司规章制度，确认公司行为是否违法；若无法确定，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况分析维权方案。