结论：未登记确权的自留地儿子与别人互换，母亲有争议时，该协议的效力需分情况讨论，可能有效也可能无效。

分析：

1. 自留地的性质与权属：

   • 自留地通常属于农村集体所有，由集体分配给农户使用，农户享有使用权，但一般不享有所有权。未登记确权的自留地，其权属可能存在争议或不明确，但这并不影响其作为农村集体土地的基本属性。

2. 儿子互换行为的效力：

   • 若儿子有处分权：如果儿子作为家庭成员，被家庭或集体明确授权或默认有权处分该自留地（尽管未登记确权），且互换行为符合当地农村集体土地的使用规定和习惯，那么该互换协议可能是有效的。但这种情况较为特殊，需要具体证据支持。
   • 若儿子无处分权：如果儿子未经母亲或其他家庭成员同意，擅自与他人互换自留地，且母亲对此提出异议，那么该互换协议可能因缺乏处分权而无效。特别是当母亲作为家庭的主要成员或土地的实际使用者时，儿子的擅自处分行为更可能被认定为无效。

3. 母亲争议的影响：

   • 母亲作为家庭成员，对自留地可能享有使用权或共同处分权。如果母亲对儿子的互换行为提出异议，这将成为判断协议效力的关键因素。在法律上，未经共有人同意的处分行为可能被视为无效，特别是当该处分行为损害了共有人的利益时。

4. 法律原则与规定：

   • 根据《民法典》的相关规定，无处分权的人处分他人财产，经权利人追认或者无处分权的人订立合同后取得处分权的，该合同有效。反之，则合同无效。在自留地互换的情况下，如果儿子无处分权且未经母亲追认，那么互换协议可能无效。
   • 此外，农村集体土地的使用和流转还需遵守当地的相关规定和习惯。如果互换行为违反了这些规定或习惯，也可能影响协议的效力。

建议：

• 协商解决：首先，建议家庭成员之间进行协商，尝试达成一致意见。如果母亲对互换行为有异议，可以与对方协商撤销互换协议或寻求其他补偿方式。
• 法律途径：如果协商无果，母亲可以考虑通过法律途径解决争议。可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权方式。在诉讼过程中，需要提供相关证据证明儿子的互换行为未经授权或损害了自己的利益。
• 注意证据收集：在处理此类争议时，证据的收集至关重要。包括但不限于自留地的权属证明、家庭成员之间的协议或约定、互换行为的书面证据等。这些证据将有助于证明各方的权利和义务关系。

后续行动：

• 如果母亲决定采取法律行动，建议尽快咨询专业律师并准备相关证据材料。律师将根据具体情况提供法律意见和维权策略。
• 在处理争议过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击对方，以免加剧矛盾并影响争议的解决。