结论：未经同意擅自将确权在别人的承包地互换给第三人的协议书，一般是不合法且无效的。下面我将从多个角度进行分析说明。
一、法律角度
物权法角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》（原《物权法》相关内容已整合其中）的规定，土地承包经营权属于用益物权，其设立、变更、转让和消灭，应当依照法律的规定进行登记或交付。未经权利人同意，擅自处分其土地承包经营权，属于无权处分行为。
- 无权处分行为，在未经权利人追认或无处分权人订立合同后取得处分权的情况下，该合同是无效的。因此，未经同意擅自将确权在别人的承包地互换给第三人的协议书，因缺乏权利人的同意，属于无效合同。
合同法角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的规定，合同的订立应当遵循合法、自愿、公平、诚实信用的原则。擅自将确权在别人的承包地互换给第三人，显然违反了合法原则和诚实信用原则。
- 此外，合同的效力还受到当事人行为能力的限制。如果协议书的签订涉及未成年人或无民事行为能力人，且未经其法定代理人同意，那么该协议书也是无效的。但在此案例中，主要关注的是无权处分问题，而非行为能力问题。
二、实际操作角度
土地承包经营权的确认：
- 土地承包经营权的确权是土地流转的前提和基础。只有经过确权的土地承包经营权，才能依法进行流转。擅自将确权在别人的承包地互换给第三人，实际上是在侵犯原权利人的土地承包经营权。
- 在实际操作中，土地流转应当遵循法定程序，如签订书面合同、办理变更登记等。未经这些程序，擅自流转土地承包经营权，是无法得到法律保护的。
第三人的权益保护：
- 对于第三人而言，如果其明知或应知该土地承包经营权属于他人所有，仍与无处分权人签订互换协议书，那么第三人可能无法取得该土地承包经营权，甚至可能面临法律纠纷和损失。
- 如果第三人是善意的，即其不知道且不应知道该土地承包经营权属于他人所有，那么根据相关法律规定，第三人可能在一定程度上受到保护。但这种情况下的保护是有限的，且需要满足一定的条件。
三、法律后果
协议书无效：
- 如前所述，未经同意擅自将确权在别人的承包地互换给第三人的协议书是无效的。这意味着该协议书自始没有法律约束力，双方当事人无需履行该协议书约定的义务。
恢复原状与赔偿损失：
- 由于协议书无效，双方当事人应当恢复原状，即返还因该协议书而取得的财产。如果无法返还或返还会造成不必要的损失，那么应当折价补偿。
- 如果因该协议书无效给一方当事人造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方的损失。双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
建议：在实际操作中，应当严格遵守法律法规的规定，尊重他人的土地承包经营权。如果需要进行土地流转，应当依法签订书面合同、办理变更登记等手续，以确保土地流转的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。