结论：不是同村的村民土地互换后又合并为同一村，土地互换协议的效力需分情况讨论，关键在于互换时双方是否满足同一集体经济组织成员的条件以及协议内容是否合法合规。
一、互换时双方非同一集体经济组织成员，互换后合并为同一村
互换时协议效力：
- 若互换时双方并非同一集体经济组织的成员，根据一般原则，此类土地互换协议可能因违反主体适格的要求而被视为无效。因为农村土地互换通常要求互换双方必须是同一集体经济组织的成员，以确保土地承包经营权的平等交换。
互换后合并为同一村的影响：
- 互换后双方合并为同一村，并不自动使原本无效的互换协议变得有效。协议的效力取决于其签订时的法律状态和事实情况。然而，如果双方在合并后能够就土地互换达成新的协议，并满足所有有效条件（如主体适格、意思表示真实、内容合法等），则新协议可以是有效的。
二、互换时及互换后均满足同一集体经济组织成员条件（虽初始非同村，但合并前已通过某种方式满足条件或合并后视为满足）
特殊情况下的主体适格：
- 尽管双方初始非同村，但如果通过某种方式（如土地调整、集体经济组织合并前的协商等）在互换前已满足同一集体经济组织成员的条件，或者合并后被视为满足该条件，则土地互换协议在签订时即具备主体适格的前提。
协议有效性的其他条件：
- 除了主体适格外，协议还需满足其他有效性条件，如双方具有完全民事行为能力、意思表示真实、内容合法（不改变土地农业用途等）、程序合法（如向发包方备案或申请登记）等。
合并后的协议效力：
- 在满足所有有效条件的情况下，土地互换协议在合并后继续有效，对双方均有约束力。双方应严格按照协议约定履行各自义务，如一方违约，另一方可以依法追究其违约责任。
三、法律建议
审查协议签订时的法律状态：
- 双方应仔细审查土地互换协议签订时的法律状态，包括双方是否属于同一集体经济组织成员、协议内容是否合法合规等。
考虑重新签订协议：
- 如果互换时双方并非同一集体经济组织成员，且合并后希望继续履行互换协议，建议双方重新签订一份符合所有有效条件的协议，以确保其合法性和有效性。
咨询专业法律意见：
- 在处理此类复杂问题时，建议双方咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。作为苏湖城的专业律师，我擅长处理刑事辩护和房产纠纷领域的问题，包括农村土地互换协议的效力认定等。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。