结论：不同村村民在2009年签订的土地互换协议是否有效，需根据具体情况判断，主要涉及协议主体资格、协议内容合法性、是否履行法定程序等因素。以下从不同角度详细分析：
1. 协议主体资格
- 法律依据：根据《农村土地承包法》第三十四条（现行有效条款，2019年修订后内容未变），土地承包经营权互换的主体应为同一集体经济组织的农户。若双方属于不同村的村民，即不属于同一集体经济组织，则主体资格可能存在瑕疵。
- 例外情形：若双方互换的土地属于“四荒地”（荒山、荒沟、荒丘、荒滩）或其他非家庭承包方式取得的土地，且经发包方同意或符合地方政策，可能被认定为有效。但需结合具体证据判断。
2. 协议内容合法性
- 土地用途限制：若互换的土地涉及耕地、基本农田等，需确保互换后用途符合《土地管理法》第四条（保护耕地、禁止非法改变用途）的规定。若互换导致耕地非农化或非粮化，协议可能因违法而无效。
- 互换期限：根据《农村土地承包法》第三十八条，互换期限不得超过承包期的剩余期限。若协议约定的期限超出法定范围，超出部分无效。
3. 法定程序履行
- 发包方备案：根据《农村土地承包法》第三十五条，土地承包经营权互换应当向发包方备案。若未履行备案程序，可能影响协议效力，但并非绝对无效，需结合地方司法实践判断。
- 书面形式要求：虽法律未强制要求互换协议必须书面，但口头协议在纠纷中易因举证困难被认定无效。建议以书面形式明确权利义务。
4. 协议实际履行情况
- 长期履行事实：若双方已实际履行协议多年（如超过3年），且无争议，根据《民法典》第一百四十三条（民事法律行为有效要件）及司法实践中的“事实履行原则”，协议可能被认定为有效。
- 第三方权益影响：若互换涉及第三方权益（如其他村民优先权、集体经济组织利益），可能因损害公共利益或他人权益而被认定无效。
5. 地方政策影响
- 部分地区为促进土地流转，可能出台地方性法规或政策，允许跨集体经济组织互换土地（如浙江、四川等地试点）。若协议符合地方政策，可能被认定为有效。
法律建议
- 核查协议内容：检查协议是否明确土地位置、面积、用途、期限及双方权利义务，避免模糊条款。
- 补全法定程序：若未备案，可联系发包方补办手续；若未书面化，建议补充书面协议并签字盖章。
- 咨询当地部门：向乡镇政府或农业农村部门确认当地政策是否允许跨村互换，降低法律风险。
- 纠纷解决途径：若发生争议，可先协商或通过村委会调解；协商不成，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁或直接向法院起诉。
提示：土地互换协议效力需结合具体证据和地方政策综合判断，建议携带协议文本及相关材料进一步咨询，以便精准分析。