结论前置：公司让医疗期休满但身体还未恢复的员工自离，这一做法是不合法的。

详细分析：

1. 医疗期的法律规定：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。在医疗期内，企业不得随意解除劳动合同。

2. 医疗期满后的处理：

   • 医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但这一规定的前提是，用人单位必须证明员工确实不能从事原工作或另行安排的工作，并且需要遵循法定的程序。

3. 公司让员工自离的合法性分析：

   • 在本案例中，员工医疗期3个月休满后，身体还未恢复。此时，公司直接让员工自离，没有遵循法定的解除劳动合同的程序，也没有证明员工不能从事原工作或另行安排的工作。因此，公司的这一做法是不合法的。

4. 员工的权益保护：

   • 员工在医疗期内享有法定的权益，包括获得医疗期待遇、不被随意解除劳动合同等。如果公司违反这些规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

建议与行动：

• 对于员工：如果公司让你自离，你可以拒绝并要求公司按照法定程序处理。同时，你可以收集相关证据，如医疗证明、劳动合同等，以备不时之需。如果公司坚持违法解除劳动合同，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

• 对于公司：建议公司遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益。在医疗期满后，如果确实需要解除劳动合同，应提前与员工沟通，并遵循法定的程序和条件进行。

后续思考：

• 在处理此类问题时，双方应保持冷静和理性，通过沟通协商解决问题。如果无法协商解决，可以寻求法律途径来维护自己的权益。
• 作为员工，了解自己的合法权益和维权途径是非常重要的。在遇到类似问题时，可以及时咨询专业律师或相关机构，获取更具体的法律建议和帮助。

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