结论：停职留薪期结束后，公司让员工休医疗期的合法性需根据具体情况判断，主要取决于员工是否确实需要继续医疗以及公司是否遵循了相关法律法规的规定。
分析：
停职留薪期与医疗期的定义：
- 停职留薪期：通常指员工因工作受伤或患职业病，在接受治疗期间，公司需保留其职位并支付工资的期限。这一期限一般根据员工的伤情或病情确定，并受到相关法律法规的保护。
- 医疗期：是指员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，公司根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定期限的医疗期。在医疗期内，公司不得解除劳动合同，并需支付病假工资或疾病救济费。
停职留薪期结束后转医疗期的合法性：
- 若员工伤情或病情未愈，确实需要继续医疗：在此情况下，如果停职留薪期已满，但员工仍需继续治疗，且符合医疗期的条件（如患病或非因工负伤），则公司安排员工休医疗期是合法的。公司应按照相关法律法规的规定，支付员工病假工资或疾病救济费，并保留其职位。
- 若员工伤情或病情已愈，或不符合医疗期的条件：如果停职留薪期结束后，员工伤情或病情已痊愈，或员工并非因患病或非因工负伤而需要停止工作医疗，则公司无权强制员工休医疗期。此时，公司应安排员工返回工作岗位，或根据员工的实际情况和公司的规章制度，协商其他处理方式。
公司应遵循的法律法规：
- 公司在处理员工停职留薪期和医疗期问题时，应严格遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关法律法规的规定。特别是关于医疗期的期限、病假工资的支付标准、劳动合同的解除条件等方面的规定，公司必须严格执行。
建议：
- 对于员工：如果停职留薪期结束后，公司要求你休医疗期，而你认为自己并不符合医疗期的条件或需要继续工作，可以与公司进行沟通协商，明确自己的权益和立场。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司：在处理员工停职留薪期和医疗期问题时，应确保遵循相关法律法规的规定，保障员工的合法权益。同时，公司也应建立完善的规章制度和内部管理机制，以应对可能出现的劳动纠纷和争议。
可能后果：
- 如果公司违法安排员工休医疗期或未支付病假工资等费用，员工有权向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请，要求公司承担相应的法律责任。
- 如果员工拒绝公司合理的医疗期安排或未按照公司规定履行相关手续，公司也有权根据规章制度和劳动合同的约定进行处理，包括解除劳动合同等。但在此过程中，公司也需确保遵循相关法律法规的规定，避免违法解除劳动合同等风险。