结论：当治疗期超过医疗期时，公司按停薪留职处理是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若公司未与员工协商一致，单方面停薪留职是不合理的。以下从多个角度进行分析：
一、医疗期与治疗期的区别及法律规定
医疗期：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。
治疗期：治疗期是指员工实际接受治疗的时间，这个时间可能因病情、治疗方式等因素而有所不同，有时可能超过医疗期。
法律要点：医疗期是法定的，而治疗期是实际的。在医疗期内，公司不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费。医疗期满后，若员工仍不能从事原工作或另行安排的工作，公司可以解除劳动合同，但需支付经济补偿。
二、公司按停薪留职处理的合理性分析
若公司未与员工协商一致：
- 不合理性：停薪留职并非法律术语，且通常不是公司单方面可以决定的。若公司未与员工协商一致，单方面停薪留职，可能构成违法解除劳动合同或未支付劳动报酬的违法行为。
- 法律后果：员工有权要求公司继续履行劳动合同，支付停薪留职期间的工资，或要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
若公司与员工协商一致：
- 合理性：若双方协商一致，可以签订停薪留职协议，明确停薪留职的期限、待遇等事项。这种情况下，公司的处理是合理的。
- 注意事项：协议应明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。同时，停薪留职期间，员工的社会保险等福利待遇也应明确约定。
三、员工应对建议
- 与公司协商：若公司提出停薪留职，员工应与公司协商，明确停薪留职的期限、待遇等事项，并签订书面协议。
- 了解自身权益：员工应了解自己的医疗期、病假工资等权益，确保公司未侵犯自身合法权益。
- 寻求法律援助：若公司违法解除劳动合同或未支付劳动报酬，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
四、公司合规建议
- 完善规章制度：公司应完善相关规章制度，明确医疗期、病假工资、停薪留职等事项的处理流程和标准。
- 加强沟通协商：在处理员工医疗期满后的事宜时，公司应加强与员工的沟通协商，确保双方权益得到保障。
- 遵守法律法规：公司应严格遵守相关法律法规，避免违法解除劳动合同或未支付劳动报酬等违法行为。
若您在治疗期超过医疗期时遇到公司按停薪留职处理的情况，且对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。