结论：医疗期内公司停薪留职是否违法，需根据具体情况判断。一般来说，若公司未依法支付医疗期工资或擅自变更劳动合同，则可能构成违法。以下从不同角度详细分析：
一、医疗期的法律性质与工资支付义务
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。在此期间，企业应依法支付职工病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。
- 若公司停薪但未支付病假工资：则违反了上述规定，构成违法。职工有权要求公司补发工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 若公司支付了病假工资：但以“停薪留职”为名变更劳动合同（如降低工资标准、变更工作岗位等），则需看变更是否合法。若未经职工同意或未遵循法定程序，同样可能构成违法。
二、停薪留职的合法性分析
“停薪留职”并非法律术语，通常指职工因特定原因（如个人创业、照顾家庭等）暂时离开工作岗位，期间不享受工资待遇但保留劳动关系。然而，在医疗期内，职工因患病或非因工负伤需要治疗休息，其劳动关系受法律特殊保护，公司不得随意变更或解除。
- 若公司单方面决定停薪留职：且未与职工协商一致或未遵循法定程序（如提前通知、支付经济补偿等），则可能构成违法解除或变更劳动合同，职工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 若职工主动申请停薪留职：且公司同意并签订了相关协议，则需看协议内容是否合法。若协议违反了法律强制性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳等），则部分或全部无效。
三、特殊情况下的处理
- 医疗期满后的处理：若职工医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，公司可以依据《劳动合同法》第四十条的规定解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知职工本人或额外支付一个月工资，并支付经济补偿。
- 职工严重违反公司规章制度：若职工在医疗期内严重违反公司规章制度（如旷工、打架斗殴等），公司可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但需注意，公司需有充分证据证明职工存在严重违纪行为。
四、建议与行动指南
- 与公司协商：若职工认为公司停薪留职违法，可首先与公司协商解决，要求公司依法支付病假工资或恢复原劳动合同待遇。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，职工可向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若投诉仍未解决，职工可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担违法责任并支付相应赔偿。
最后，医疗期内的职工权益受法律特殊保护，公司不得随意侵犯。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。