公司停薪留职的合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对停薪留职合法性的详细分析：
合法情形
双方协商一致且有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者就停薪留职事宜进行了充分沟通和协商，双方自愿达成一致意见，并通过书面协议等形式明确约定了停薪留职的期限、双方权利义务等内容，那么这种停薪留职是合法的。例如，因公司经营困难进行业务调整时，与员工协商停薪留职，并在协议中约定保留社保缴纳等事项，这样的安排是受到法律保护的。
符合内部规章制度且程序合规：
- 如果单位内部有关于停薪留职的合法规章制度，且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），员工按照规章制度规定的流程申请并获得批准后进行停薪留职，那么这种停薪留职也是合法的。
劳动关系存续且未损害劳动者权益：
- 停薪留职期间，员工与用人单位之间的劳动关系仍然存续，受《劳动法》保护。只要停薪留职的安排没有损害劳动者的合法权益，如未停止为员工缴纳社会保险等，那么这种停薪留职就是合法的。
违法情形
未经协商擅自决定停薪留职：
- 如果用人单位未与劳动者协商，单方强制要求劳动者停薪留职，这侵犯了劳动者的合法权益，属于违法行为。劳动者有权拒绝这种不合理的安排，并可以通过法律途径维护自己的权益。
违反法律法规强制性规定：
- 在停薪留职期间，如果单位停止为员工缴纳社会保险，这违反了《社会保险法》的强制性规定，属于违法行为。此外，任何其他违反法律法规强制性规定的停薪留职行为，也均属违法。
损害劳动者权益的不合理安排：
- 如果停薪留职期限过长且不合理，或在停薪留职期满后拒绝员工返岗要求等情况，也可能涉嫌违法。这些行为都损害了劳动者的合法权益，劳动者有权提出异议并寻求法律救济。
法律建议
- 对于用人单位：在考虑停薪留职时，应确保与劳动者进行充分沟通和协商，达成一致意见后签订书面协议。同时，要确保停薪留职的安排符合内部规章制度和法律法规的规定，不损害劳动者的合法权益。
- 对于劳动者：如果面临用人单位提出的停薪留职安排，应仔细审查协议内容，确保自己的权益得到保障。如果认为安排不合理或违法，有权拒绝并寻求法律帮助。
维权途径
- 如果劳动者认为单位的停薪留职安排侵犯了自身合法权益，应先与单位进行沟通协商，尝试解决问题。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如书面协议、工资单、社保缴纳记录等，以便在需要时提供证明。
综上所述，公司停薪留职的合法性需根据具体情况判断。在任何情况下，都应尊重并维护劳动者的合法权益，促进和谐稳定的劳动关系。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。