结论：在工伤治疗期间，公司以“自离”为由处理你的劳动关系是不合法的。

详细分析：

1. 工伤治疗期间的权益保护：

   • 根据《工伤保险条例》及相关法律法规，员工在工伤治疗期间享有相应的医疗期和停工留薪期。在这期间，员工有权获得医疗救治和经济补偿，且用人单位不得解除或终止与员工的劳动合同，除非员工存在严重违反公司规章制度等法定解除情形。
   • “自离”通常指的是员工未经公司同意，擅自离职的行为。但在工伤治疗期间，员工因伤无法正常工作，显然不属于“自离”的范畴。

2. 公司行为的合法性分析：

   • 如果公司在你工伤治疗期间以“自离”为由处理你的劳动关系，如解除劳动合同或停发工资等，这种行为是违法的。因为此时你正处于需要医疗救治和休息的阶段，公司应当承担相应的责任，包括支付停工留薪期间的工资、提供必要的医疗条件等。
   • 公司若想解除与你的劳动合同，必须基于法定理由，如你严重违反公司规章制度、被依法追究刑事责任等，并且需要按照法定程序进行，如提前通知、支付经济补偿等。在工伤治疗期间，这些法定解除条件通常是不成立的。

3. 你的应对措施：

   • 如果你遇到公司以“自离”为由处理你的劳动关系，首先应当与公司进行沟通，明确告知公司你正处于工伤治疗期间，有权享受相应的待遇和保护。
   • 如果公司不予理会或坚持错误做法，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，你需要提供相关的证据材料，如工伤认定书、医疗证明、劳动合同等。

建议：

• 在工伤治疗期间，务必保留好所有与工伤相关的证据材料，如医疗记录、工伤认定书等，以备不时之需。
• 如果与公司发生争议或纠纷，及时咨询专业律师（比如我，侯泽英律师，专注于工伤赔偿领域），了解自己的权益和应对策略。
• 在与公司的沟通中，保持冷静和理性，避免情绪化的行为或言论，以免对自己的权益造成不利影响。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。