结论前置：因工伤旷工三天自动离职是否合法，主要取决于用人单位的规章制度内容、制定程序是否合法，以及劳动合同中的相关约定。在符合法律法规的前提下，用人单位有权依据规章制度或劳动合同解除与劳动者的合同关系；反之，则可能构成违法解除。
一、合法情况分析
规章制度明确规定且程序合法
- 若用人单位的规章制度明确将因工伤旷工三天设定为严重违反单位规章制度的情形，并且该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等），同时已向劳动者进行了公示或告知（如组织员工培训学习规章制度、在单位显著位置张贴等），则用人单位依据此规定解除劳动合同是合法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
符合劳动合同约定
- 若劳动合同中明确约定因工伤旷工达到一定天数（如三天）用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律法规强制性规定，这种情况下解除劳动合同也被认定为合法。
二、不合法情况分析
规章制度违法或不合理
- 如果用人单位的规章制度对因工伤旷工三天解除劳动合同的规定明显不合理，或者违反法律法规强制性规定（如排除劳动者主要权利、加重劳动者责任等），那么以此解除劳动合同可能被认定为违法。
未履行法定程序
- 即使规章制度有相关规定，但用人单位未按照法律要求的程序进行解除，如未事先通知工会（如果单位有工会组织），也可能导致解除行为被认定违法。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十三条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。用人单位违反法律、行政法规规定或者劳动合同约定的，工会有权要求用人单位纠正。用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
无规章制度或规章制度无效
- 若用人单位没有制定相关规章制度，或者规章制度的制定不符合法定程序（如未经过民主协商、未公示等），则仅以因工伤旷工三天为由解除劳动合同就违反了劳动法。
三、劳动者权益保护
- 当劳动者认为用人单位以因工伤旷工三天为由解除劳动合同违法时，可以通过劳动仲裁等方式维护自身权益。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。第八十七条规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
四、特殊情况说明
- 工伤期间旷工的特殊性：在工伤期间，劳动者可能因治疗、康复等原因无法正常出勤。此时，用人单位应充分考虑劳动者的实际情况，不宜直接以旷工为由解除劳动合同。若劳动者确实存在旷工行为，用人单位也应先进行调查核实，确保解除劳动合同的合法性和合理性。
总结：因工伤旷工三天自动离职是否合法，并非由法律直接规定，而是取决于用人单位的规章制度、制定程序以及劳动合同中的相关约定。在处理此类问题时，用人单位应确保规章制度的合法性和合理性，并遵循法定程序；劳动者也应了解自身权益，必要时可通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。