在非法经营罪案件中，员工底薪是否算违法所得，主要取决于员工的知情程度、参与程度以及底薪与非法经营活动的关联性。以下是对此问题的详细分析：

1. 员工不知情且未参与非法活动：

   • 如果员工对公司的非法经营活动并不知情，且其底薪是基于合法的雇佣关系，通过正常劳动所获得的，那么这部分底薪应被视为员工的合法劳动收入，不属于违法所得。员工在此情况下是善意的劳动者，其底薪权益应受法律保护。
   • 举例：假设某公司非法经营某业务，但员工A仅负责公司的日常行政工作，对非法经营一无所知，且其工资是按照正常标准发放的，那么A的底薪就不应被视为违法所得。

2. 员工知情并参与非法活动：

   • 若员工明知公司从事非法经营活动，仍积极参与其中，并从中获取底薪，那么这部分底薪就可能被认定为与非法经营行为有关的财物，即违法所得。这是因为员工在此情况下已不再是单纯的劳动者，而是成为了非法经营行为的参与者或受益者。
   • 举例：员工B明知公司非法经营，但仍负责非法业务的销售环节，并从中获取底薪和提成，那么B的底薪就可能被视为违法所得的一部分。

3. 底薪与非法收益的关联性：

   • 当员工的底薪与非法经营活动的收益存在紧密关联，如底薪直接从非法经营的资金中支付，或底薪数额明显不合理地高于同行业标准时，这部分底薪更容易被认定为违法所得。
   • 法律考量：法院在判断时，会综合考虑员工的工作内容、在非法经营活动中所起的作用、对非法经营行为的认知程度和参与程度，以及底薪来源的合法性等因素。

4. 法律建议：

   • 对于员工而言，最重要的是保持警惕，避免参与任何非法经营活动。如果发现自己所在的公司存在非法经营行为，应及时向相关部门举报，并保护好自己的合法权益。
   • 如果员工已经因非法经营罪被牵连，应积极收集证据，证明自己的清白和底薪的合法性，以便在法律程序中维护自己的权益。

总结来说，非法经营罪案件中员工底薪是否算违法所得，并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合判断。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。