公司犯罪时，员工工资是否算违法所得，主要取决于员工对公司犯罪行为的知晓程度、参与程度以及工资与犯罪行为的关联程度。以下是对此问题的详细分析：
员工不知情且未参与犯罪
- 若员工对公司的犯罪行为毫不知情，且他们按照劳动合同的约定正常提供了劳动并获取了相应的工资报酬，那么这些工资应被视为员工的合法劳动所得，不应被认定为违法所得。例如，某公司员工在日常工作中负责常规的行政或销售任务，对公司高层进行的非法活动一无所知，他们按月领取的工资就是其合法的劳动收入。在这种情况下，员工无需担心工资被追缴或承担法律责任。
员工明知公司犯罪仍参与或提供帮助
- 若员工明知公司从事犯罪活动，却仍然积极参与其中，或者虽然未直接参与但为公司犯罪提供了帮助（如提供信息、协助隐瞒等），并且因此获得了超出正常劳动报酬水平的额外收入，或者其工资与犯罪行为存在直接关联，那么这部分工资收入就可能会被认定为违法所得。在这种情况下，员工不仅需要承担可能的刑事责任，其违法所得的工资也可能被依法追回。例如，某员工明知公司从事走私活动，仍负责联系客户、运输货物等，并因此获得了高额提成，这部分提成就可能被视为违法所得。
工资来源的合法性
- 另一个需要考虑的因素是工资的资金来源。如果公司发放工资的资金本身是通过犯罪手段获取的（如盗窃、抢劫等），即使员工对公司的犯罪行为并不知情，这部分工资也可能因资金来源的违法性而存在被认定为违法所得的风险。然而，这种情况下的处理通常会综合考虑多种因素，包括员工的知情程度、工资与犯罪行为的直接关联性等，以确定是否需要追缴等处理措施。例如，若公司使用盗窃所得资金发放工资，且员工对此并不知情，那么在追缴违法所得时，可能会考虑员工的实际劳动情况和工资水平，避免对无辜员工造成过大损失。
总结与建议：
- 对于员工而言，最重要的是保持警惕，避免参与公司任何形式的犯罪活动，并确保自己的工资来源合法。如果发现自己所在的公司存在违法行为，应及时向相关部门举报，以保护自己合法权益不受侵害。
- 对于企业和法律机构来说，也需要加强对这一问题的认识和理解。企业在运营过程中应严格遵守法律法规，避免涉及犯罪活动；法律机构在处理相关案件时，应综合考虑多种因素，确保裁决的公正性和合理性。
如果您在公司犯罪与员工工资方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。