关于“非法经营员工工资算违法所得”这一问题，需要分情况讨论：
一般情况下，非法经营中员工的工资不算违法所得：
- 违法所得通常指通过违法犯罪行为直接获取的财物等利益。员工是基于正常劳动付出获得工资，其工作行为本身并不必然构成非法经营的违法犯罪行为。因此，在大多数情况下，员工因正常劳动而获得的工资不应被简单认定为违法所得。
特殊情况下，部分工资可能被认定为不当收入：
- 如果员工明知所在单位从事非法经营活动仍积极参与，且其工资与非法经营行为存在直接关联，比如是基于非法经营的业绩提成等方式获得，那么这部分工资可能会被认定为与非法经营相关的不当收入。具体需结合员工在非法经营中的实际参与程度、工资构成等综合判断。
从法律角度来看，判断员工工资是否为违法所得，关键在于员工对非法经营的认知以及工资与非法经营的关联程度。司法机关在处理此类案件时，会综合考虑员工的工作内容、在非法经营中的作用、工资构成等因素，依法进行判定。
法律建议：
- 对于员工而言，如果对所在单位的经营活动存在疑虑，应及时了解相关法律法规，确保自己的工作行为合法合规。
- 如果发现单位存在非法经营行为，员工应谨慎考虑是否继续参与，并咨询专业律师以了解自己的法律责任和权益。
- 在涉及非法经营案件时，员工应积极配合司法机关的调查，如实陈述自己的情况，以便司法机关能够准确判断工资的性质。
可能的法律后果：
- 如果员工被认定为非法经营的共犯，可能会面临刑事指控和相应的刑罚。
- 即使员工不被认定为共犯，但如果其工资被认定为不当收入，也可能面临追缴或没收等法律后果。
总之，关于非法经营员工工资是否算违法所得的问题，需要具体情况具体分析。如果您有相关法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。