员工工资在公司从事违法行为的情况下是否属于非法所得，主要取决于员工对公司违法行为的知晓程度、参与程度以及工资与违法行为的关联程度。以下是对此问题的详细分析：
员工不知情且未参与违法行为
- 如果员工对公司的违法行为毫不知情，且他们按照劳动合同的约定正常提供了劳动并获取了相应的工资报酬，那么这些工资应被视为员工的合法劳动所得，不应被认定为非法所得。例如，某公司员工在日常工作中负责常规的行政或销售任务，对公司高层进行的非法活动一无所知，他们按月领取的工资就是其合法的劳动收入。
员工明知公司违法行为仍参与或提供帮助
- 若员工明知公司从事违法行为，却仍然积极参与其中，或者虽然未直接参与但为公司违法行为提供了帮助（如提供信息、协助隐瞒等），并且因此获得了超出正常劳动报酬水平的额外收入，或者其工资与违法行为存在直接关联，那么这部分工资收入就可能会被认定为非法所得。在这种情况下，员工不仅需要承担可能的刑事责任，其非法所得的工资也可能被依法追回。
工资来源的合法性
- 另一个需要考虑的因素是工资的资金来源。如果公司发放工资的资金本身是通过违法手段获取的（如诈骗、盗窃等），即使员工对公司的违法行为并不知情，这部分工资也可能因资金来源的违法性而存在被认定为非法所得的风险。然而，这种情况下的处理通常会综合考虑多种因素，包括员工的知情程度、工资与违法行为的直接关联性等，以确定是否需要追缴等处理措施。
法律建议：
- 对于员工而言，最重要的是保持警惕，避免参与公司任何形式的违法行为，并确保自己的工资来源合法。如果发现自己所在的公司存在违法行为，应及时向相关部门举报，以保护自己合法权益不受侵害。
- 对于公司而言，应严格遵守法律法规，不得从事任何违法行为，以确保员工的工资收入合法且稳定。
可能的法律后果：
- 如果员工的工资被认定为非法所得，可能会面临被追缴的风险，同时还可能需要承担相应的法律责任，如罚款、拘留甚至刑事责任等。
- 对于公司而言，从事违法行为不仅可能导致员工工资被认定为非法所得，还可能面临更严重的法律后果，如罚款、吊销营业执照、刑事责任等。
综上所述，公司从事违法行为时员工工资是否属于非法所得是一个复杂的问题，需要根据具体情况进行判断。如果您或您所在的公司面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。