结论：在非法经营罪案件中，员工的工资通常不会被没收，但具体是否会被没收还需根据员工对非法经营行为的知情程度、参与程度以及工资的性质和来源等因素综合判断。

详细分析：

1. 员工对非法经营行为的知情程度：

   • 不知情：若员工对公司的非法经营行为毫不知情，且在正常履行工作职责的基础上获得工资，该工资通常被视为合法劳动所得，不会被没收。因为员工主观上没有违法故意，其获得工资的行为与非法经营无直接因果关系。
   • 明知：若员工明知公司的经营活动是非法的，仍积极参与并从中获利，那么其获得的工资（尤其是超出正常劳动报酬的部分）很可能被认定为违法所得而予以没收。此时，员工的行为可能构成非法经营罪的共同犯罪。

2. 员工的参与程度：

   • 未参与或轻微参与：若员工虽知晓但并未积极参与非法经营活动，或其参与行为情节较轻不构成犯罪，但从非法经营业务中获取了工资，司法机关会根据具体案情决定是否没收工资。这取决于工资与非法经营的直接关联性以及员工的过错程度。
   • 积极参与：若员工积极参与非法经营活动，并因此获得高额工资，那么这些工资几乎肯定会被视为违法所得并予以没收。

3. 工资的性质及来源：

   • 与非法经营无直接关联：若工资是基于正常业务绩效发放，与非法经营行为没有直接关联，如按照合法的销售业绩或工作质量发放的工资，一般不会被没收。
   • 与非法经营直接挂钩：若工资的发放直接与非法经营业务的业绩、利润等挂钩，如按照非法销售的商品数量或非法获利的金额给员工发放工资，这种工资就很可能会被认定为需要没收的款项。

4. 法律依据与处理原则：

   • 根据《中华人民共和国刑法》等相关法律规定，对于非法所得应当予以追缴或者责令退赔。这意味着，一旦工资被认定为非法所得，司法机关就有权依法进行没收。但工资作为员工合法劳动的报酬，通常不被视为非法所得，除非与非法经营行为有直接关联。
   • 在处理非法经营案件时，司法机关会综合考虑案件的性质、情节严重程度以及相关法律法规的规定来决定具体的处理方式和结果。对于员工的工资，司法机关会倾向于保护其合法权益，除非有确凿证据表明工资与非法经营行为有直接关联。

建议与总结：

• 对于员工而言，如果发现自己所在的公司存在非法经营行为，应及时了解自己的法律地位和权益。若对非法经营行为不知情且未参与，应保留好相关证据（如劳动合同、工资条等），以证明自己的工资是合法所得。
• 若员工明知公司存在非法经营行为仍参与其中，应意识到自己的行为可能构成犯罪，并面临法律制裁。此时，应尽快停止参与非法经营活动，并考虑向相关部门举报以减轻自己的法律责任。
• 企业在经营过程中应严格遵守法律法规，避免从事任何形式的非法经营活动。这不仅可以保护员工的合法权益，还可以维护企业的声誉和长期发展。

总之，在非法经营罪案件中，员工的工资通常不会被没收，但具体是否会被没收还需根据多种因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。