非法经营罪在情节特别严重的情况下，本金（即非法经营所得或相关财产）可能会被没收，但具体是否没收需由法院根据案件情况综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，非法经营罪是指违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的行为：

1. 未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
2. 买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
3. 未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
4. 其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。

对于构成非法经营罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

二、没收财产的条件

1. 情节特别严重：这是没收财产的前提条件。一般来说，如果非法经营数额巨大（如达到250万元以上）、违法所得数额较大（如50万元以上）、经营对象特殊（如麻醉药品、精神药品等）、造成严重后果（如市场混乱、公众健康问题等）或者有组织地进行大规模非法经营活动等，都可能被视为情节特别严重。

2. 法院判决：是否没收财产最终由法院根据案件的具体情况和法律规定进行判决。法院会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、悔罪表现等因素来做出决定。

三、没收财产的范围

如果法院决定没收财产，没收的范围通常包括被告人个人所有的合法财产中与犯罪有关的部分，如非法经营所得、用于非法经营的工具、设备等。但需要注意的是，没收财产并不等同于没收全部财产，而是根据案件情况确定没收的部分或全部。同时，与犯罪无关的合法财产不会被没收。

四、实际案例与司法实践

在实际司法实践中，对于非法经营罪的处理会根据具体情况进行量刑。例如，在大规模的非法烟草经营案件中，由于涉案金额巨大且造成了严重的市场混乱和公众健康问题，法院往往会判处较重的刑罚，并可能并处没收财产。而在一些情节相对较轻的非法经营案件中，法院则可能只判处有期徒刑或拘役，并处或单处罚金，而不会没收财产。

五、法律建议与警示

1. 严格遵守法律法规：为了避免非法经营带来的法律风险，最重要的是要严格遵守国家法律法规，不从事任何形式的非法经营活动。

2. 及时咨询与应对：如果已经涉嫌非法经营或者面临相关法律纠纷，建议及时向我咨询，了解自身法律责任和风险，并积极配合相关部门的调查和处理工作。

综上所述，非法经营罪在情节特别严重的情况下确实可能会被没收本金或相关财产。但这一刑罚并非普遍适用，而是依据具体案件情况和法院裁量来决定。因此，遵守法律法规、远离非法经营活动是保护自身财产安全和合法权益的最佳途径。