非法集资案件中，本金是否会被没收需根据具体情况判断，并非一概而论由国家没收。以下是对此问题的详细分析：

1. 违法所得的处理：

   • 根据《防范和处置非法集资条例》等相关规定，非法集资人、非法集资协助人需向集资参与人清退集资资金。在清退过程中，支付的利息、分红等回报，以及代理费、好处费等费用，应依法追缴，这些属于违法所得。若集资参与人本金尚未归还，所支付的回报可折抵本金。完成清退后，剩余的违法所得由处置非法集资职能部门负责没收，上缴中央国库。这意味着，如果本金被认定为违法所得的一部分，且在完成对集资参与人的清退后仍有剩余，那么这部分本金可能会被没收。

2. 集资参与人投入的合法资金的处理：

   • 集资参与人投入的合法资金是其个人财产，应尽可能清退给集资参与人。清退资金来源包括但不限于非法集资资金余额、收益转换的资产、非法集资人及相关人员获得的经济利益等。如果本金属于集资参与人的合法资金，且未被认定为违法所得，那么这部分本金应予以清退，不会被没收。

3. 涉案财物的处理与罪名影响：

   • 若非法集资案件行为不构成犯罪或免予刑事处罚，相关财物应予退还。若犯罪事实清楚，证据确实充分，应追究刑事责任，涉案财物则根据审理情况处理。其中，被害人的合法财产，权属明确的，应及时返还。在非法吸收公众存款罪中，通常不会没收个人财产，但可能面临罚金；而在集资诈骗罪中，若数额巨大或有其他严重情节，则可能被没收财产。这里的“没收财产”可能涉及犯罪分子的个人合法财产，但并不直接等同于没收集资参与人的本金。

4. 特殊情况下的处理：

   • 在侦查、审查起诉中若犯罪嫌疑人死亡，对其存款、汇款应依法予以没收或返还被害人。这同样适用于非法集资案件中的本金处理，但需根据具体情况判断。

总结与建议： 非法集资案件中本金是否会被没收，取决于案件的具体情况、资金的性质以及法律规定。在处理过程中，应确保集资参与人的合法权益得到保障，同时严厉打击非法集资行为。如果您或您身边的人涉及非法集资案件，建议及时向我咨询，以便根据具体情况提供准确的法律意见和帮助。