结论：两万五扣了五千的违约金是否合法，不能一概而论，需要结合合同的具体约定、违约情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
违约金条款的有效性：
- 如果合同中明确约定了违约金的比例或具体数额，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该违约金条款通常是有效的。
- 在您的情况下，如果合同中确实约定了可以扣除五千元作为违约金，且该约定合法有效，那么扣除五千元违约金在合同层面是合法的。
违约金数额的合理性：
- 即使合同中有违约金条款，但如果约定的违约金数额过高或过低，当事人也可以请求人民法院或仲裁机构予以适当调整。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，如果五千元违约金相对于实际损失过高，您有权请求调整。
二、违约情况角度
违约行为的性质：
- 违约行为的性质和严重程度会影响违约金的合法性。如果违约行为轻微，且未给对方造成实际损失，那么扣除高额违约金可能显得不合理。
- 在您的情况下，需要评估违约行为的性质和后果，以确定五千元违约金是否合理。
实际损失与违约金的关系：
- 违约金的主要目的是补偿守约方因违约行为所遭受的损失。因此，违约金的数额应当与实际损失相当。
- 如果五千元违约金远高于实际损失，那么该违约金可能显得过高，您有权请求调整。
三、法律规定角度
违约金的法律限制：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但是，约定的违约金不得超过造成损失的百分之三十。
- 在您的情况下，如果五千元违约金超过了实际损失的百分之三十，那么该违约金可能违反了法律限制，您有权请求调整。
法律救济途径：
- 如果您认为扣除的违约金过高或不合理，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径寻求法律救济。
- 在协商或调解过程中，您可以与对方就违约金的数额进行协商，争取达成双方都能接受的解决方案。
- 如果协商或调解无果，您可以向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，请求调整违约金的数额。
具体建议
- 审查合同条款：仔细审查合同中关于违约金的约定，确保该约定合法有效且合理。
- 评估违约情况：评估违约行为的性质和后果，以及实际损失与违约金的关系。
- 寻求法律救济：如果认为扣除的违约金过高或不合理，及时通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径寻求法律救济。
示例计算（假设实际损失为X元）：
- 如果合同约定违约金为实际损失的百分之三十以内，则合法违约金范围应为：\(0 \leq \text{违约金} \leq 0.3X\)。
- 在您的情况下，如果实际损失为10000元，则合法违约金范围应为：\(0 \leq \text{违约金} \leq 3000\)元。如果扣除的五千元违约金超出了这个范围，您有权请求调整。
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