银行扣违约金是否合法，取决于具体情况。以下是对这一问题的详细分析：
合同有明确约定：
- 如果银行与借款人之间签署的贷款合同或相关协议中，已经明确规定了在某些特定情况下（如逾期还款）银行有权收取违约金，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，那么银行依据合同收取违约金是合法的。
- 例如，在贷款合同中，通常会规定借款人需按期还款，如逾期未还，则需支付一定比例的违约金。这种情况下，银行收取违约金是符合合同约定的，也是合法的。
合同无明确约定或约定不合法：
- 如果合同中没有关于违约金的明确约定，或者虽然合同中有约定，但该约定违反了法律法规的强制性规定（如违约金过高、不合理等），那么银行收取违约金则可能是不合法的。
- 在这种情况下，借款人可以主张银行无权收取违约金，或者要求调整违约金的数额。
特殊情况：
- 除了上述两种情况外，还有一些特殊情况需要考虑。例如，如果银行在未经借款人同意的情况下擅自提前扣款，并且合同中没有明确约定银行有权这样做，那么银行的行为可能构成违约，需要承担违约责任。
综上所述，银行扣违约金是否合法，关键在于合同中的约定以及相关法律法规的规定。因此，在面临类似问题时，建议借款人首先仔细审阅合同条款，了解自己的权利和义务；如果认为银行收取违约金不合法或不合理，可以与银行进行协商沟通，要求调整或取消违约金；如果协商不成，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。