银行扣车款按揭违约金是否合法，需结合具体情况与相关法律规定进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定角度

• 合法情形：若您与银行签订的贷款合同中明确约定了“在特定情况下（如逾期还款），银行有权扣除车款作为违约金”，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么银行的行为在合同层面是合法的。这是因为合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律，双方均应遵守。
• 不合法情形：若合同中未明确约定此类条款，或约定模糊、存在歧义，银行单方面扣除车款作为违约金则可能缺乏合同依据，构成违约。此时，您有权要求银行返还被扣款项，并可能追究银行的违约责任。

2. 法律规定角度

• 违约金上限：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，违约金的数额应当与因违约所造成的损失相当，不得过分高于或低于实际损失。若银行扣除的违约金数额明显过高，超出了您因逾期还款给银行造成的实际损失，您有权请求法院或仲裁机构予以适当减少。
• 程序合法性：银行在扣除违约金前，应当履行相应的告知义务，如通过短信、电话或书面形式通知您。若银行未履行告知义务，直接扣除车款，可能侵犯了您的知情权，构成程序违法。

3. 实际操作角度

• 沟通协商：若您对银行扣除的违约金有异议，首先建议与银行进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据，并尝试达成和解。
• 法律途径：若沟通无果，您可以向当地银保监会投诉，或直接向法院提起诉讼，要求银行返还被扣款项，并可能要求银行承担因违约给您造成的损失。

法律建议

• 审查合同：仔细审查您与银行签订的贷款合同，特别是关于违约金的部分，确保自己了解并同意相关条款。
• 保留证据：若银行扣除违约金，务必保留好相关证据，如银行通知、扣款记录等，以备后续维权之需。
• 及时维权：若您认为银行的行为违法或不合理，应及时采取措施维权，避免因拖延而丧失最佳维权时机。

总结来说，银行扣车款按揭违约金是否合法，需结合合同约定、法律规定以及实际操作情况综合判断。若您对此有疑问或遭遇了不合法的情况，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。