是否合法需根据具体情况判断。首先，我们要明确违约金的性质及其在合同中的作用。违约金是合同双方约定的一方违约时应当向另一方支付的一定数额的金钱，其目的是为了保障合同的履行，同时对于违约方进行一定的惩罚。
接下来，我们分析你提到的“交了9000扣五千违约金”的情况：
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了在某些情况下需要支付5000元作为违约金，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么当你触发这些条件时，被扣除5000元违约金是合法的。
- 需要注意的是，违约金的数额应当合理，不能过高或过低，以免构成显失公平。如果违约金数额过高，可能面临被法院调整的风险。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中并未明确约定违约金的数额或条件，或者约定不明确，那么在你未违约或违约情况不明确的情况下，被扣除5000元作为违约金是不合法的。
- 在这种情况下，你可以要求对方提供合同依据或解释扣除违约金的理由，并有权拒绝支付不合理的违约金。
实际损失与违约金的关系：
- 即使合同中有违约金的约定，但如果实际损失远低于违约金数额，你也可以主张按照实际损失来支付违约金，以避免显失公平的情况。
综上所述，要判断“交了9000扣五千违约金”是否合法，需要具体分析合同内容、违约情况以及实际损失等因素。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。