工资5000元而违约金6万元，这样的约定在大多数情况下是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律原则与违约金设定
补偿性为主，惩罚性为辅：
- 根据《民法典》第五百八十五条，违约金的设定应主要体现对守约方损失的补偿，同时兼具一定的惩罚性，但不得过分高于实际损失。一般来说，约定的违约金不应超过造成损失的百分之三十。在您的情况下，如果工资仅为5000元，而违约金高达6万元，这显然远远超过了合理范围，很可能被视为过分高于实际损失。
特定情形下的合法性：
- 依据《劳动合同法》，仅在服务期约定（第二十二条）和竞业限制约定（第二十三条）两种特定情形下，用人单位可与劳动者约定由劳动者承担违约金。其他情况下，任何关于工资违约金的约定均属无效。因此，除非您的合同中明确涉及了服务期或竞业限制，并且违约金数额符合法律规定，否则这样的约定是不合法的。
二、具体情形的分析
劳动者违反服务期约定：
- 如果用人单位为您提供了专项培训费用并约定了服务期，您违反约定需支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用及服务期尚未履行部分所应分摊的费用。例如，如果公司为您提供了5万元的培训，并约定了5年的服务期，而您在服务3年后离职，那么违约金不得超过剩余2年分摊的2万元。显然，6万元的违约金在这种情况下也是不合法的。
劳动者违反竞业限制约定：
- 如果您负有保密义务，并且用人单位与您约定了竞业限制条款及违约金，那么违约金的数额需要合理。过高部分可经人民法院或仲裁机构调整。在司法实践中，法院会综合考虑用人单位的保护成本、劳动者的违约损害、经济状况及竞业限制期限等因素来判断违约金的合理性。6万元的违约金很可能被视为过高。
三、实践建议与法律后果
建议：
- 在设定工资违约金时，双方应充分评估可能的损失，确保违约金数额既不过高也不过低，以符合法律的“补偿性为主，惩罚性为辅”原则。
- 对于服务期和竞业限制的违约金约定，应严格遵守《劳动合同法》的具体规定，避免因约定不当而引发法律纠纷。
法律后果：
- 如果违约金约定过高，劳动者有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。
- 如果用人单位因劳动者违约而遭受损失，但违约金约定过低，用人单位也有权请求增加违约金数额。
综上所述，工资5000元而违约金6万元的约定在大多数情况下是不合法的。如果您面临这样的情况，建议您与用人单位协商调整违约金数额，或者寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。