您好，关于您提出的“单位将残疾人岗位补贴部分发给总经理是否合法”的问题，这涉及到对残疾人岗位补贴使用规定的理解。

首先，我们需要明确的是，残疾人岗位补贴是政府为了鼓励和支持用人单位安排残疾人就业而设立的一项专项资金。这项补贴的用途应当严格限定在为残疾人提供就业岗位、改善就业条件、提高就业质量等方面，以确保残疾人能够平等地参与社会就业，并获得相应的劳动报酬和福利待遇。

接下来，我们分析单位将残疾人岗位补贴部分发给总经理的行为。从法律和政策的角度来看，这种行为显然是不合法的。因为残疾人岗位补贴是专款专用的，必须用于残疾人的就业相关支出，而不能被挪作他用，更不能被用于发放给非残疾人的单位领导或管理人员。

如果单位存在这样的行为，不仅违反了政府对残疾人岗位补贴的使用规定，也损害了残疾人的合法权益。残疾人作为社会的弱势群体，需要得到更多的关注和保护。用人单位应当切实履行社会责任，按照政府的规定和要求，合理安排残疾人就业，并确保他们获得应有的劳动报酬和福利待遇。

因此，我建议您如果发现单位存在将残疾人岗位补贴部分发给总经理或其他非残疾人的情况，应当及时向相关部门进行举报和投诉。同时，也希望用人单位能够自觉遵守法律法规和政策规定，切实保障残疾人的就业权益和福利待遇。