结论：用人单位以经营不好为由擅自调整减少员工工作时间并扣工资，这一行为通常是不合法的。下面我将从多个角度详细分析这一问题。
法律角度
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同一旦签订，双方都应严格遵守。
- 如果劳动合同中明确规定了员工的工作时间、工资待遇等条款，用人单位未经员工同意擅自变更这些条款，如减少工作时间并扣工资，就构成了违约行为。
工资支付的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 用人单位不得随意克扣或者无故拖欠劳动者的工资。即使因经营困难需要调整工资或工作时间，也应与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。
实际操作角度
擅自调整的合法性：
- 用人单位在未经员工同意的情况下，擅自调整工作时间并扣工资，这种行为缺乏合法依据。员工有权拒绝这种不合理的调整，并可以要求用人单位按照原劳动合同的约定履行义务。
员工的维权途径：
- 如果用人单位坚持擅自调整并扣工资，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以证明用人单位的违法行为。
特殊情况考虑
经营困难的真实性：
- 虽然用人单位声称经营不好，但这并不构成其擅自调整工作时间和扣工资的合法理由。用人单位需要提供充分的证据来证明其经营困难的真实性，并与员工进行协商。
协商变更的可能性：
- 在经营困难的情况下，用人单位可以与员工协商变更劳动合同的相关条款，如调整工作时间、降低工资待遇等。但这种变更必须基于双方自愿和平等协商的原则，不能单方面强制实施。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到用人单位擅自调整工作时间并扣工资的情况，应首先与用人单位进行沟通协商，要求其按照原劳动合同的约定履行义务。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益，通过合法途径解决经营困难问题，而不是擅自调整员工的工作时间和工资待遇。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。