结论：做一休一制下，12小时工作制在节假日调休日加班，通常应当计算加班费，但具体是否支付及支付标准需结合劳动合同、公司规章制度及地方性规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、法律框架下的加班费支付原则

根据《劳动法》第四十四条，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资300%的工资报酬。这一规定适用于所有工时制度，包括标准工时制、综合计算工时制和不定时工时制。
关键点：

1. 节假日性质：若调休日属于法定休假日（如春节、国庆等），无论是否调休，均需支付300%加班费；
   
2. 调休日性质：若调休日为休息日（如周末），且劳动者未被安排补休，则需支付200%加班费。
   

示例：

• 劳动者做一休一，某日为国庆节（法定休假日），当日工作12小时，应按300%支付加班费；
  
• 若该日为调休后的休息日（如周末），且未补休，则按200%支付加班费。

二、做一休一制下的特殊考量

做一休一制通常属于综合计算工时制或不定时工时制的范畴，但需满足以下条件：

1. 审批程序：用人单位需经劳动行政部门批准，方可实行综合计算工时制或不定时工时制；
   
2. 工时限制：在综合计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同（即每日不超过8小时，每周不超过40小时）；
   
3. 加班费计算：
   
   • 若综合计算周期内总工时超过法定标准，超出部分按150%支付加班费；
     
   • 法定休假日工作的，仍按300%支付加班费，不受综合计算周期限制。
     

风险提示：

• 若用人单位未履行审批程序，或实际工时超出法定标准，可能被认定为标准工时制，需按日支付加班费；
  
• 12小时工作制可能涉及超时加班（每日超过8小时），需确保劳动者健康权不受侵害。

三、地方性规定的补充影响

部分地区对加班费支付有更严格的规定，例如：

1. 上海：要求用人单位在综合计算工时制下，需向劳动者公示工时计算周期及加班费支付标准；
   
2. 北京：明确规定，实行不定时工时制的劳动者，在法定休假日工作的，仍需支付300%加班费。
   

建议：

• 劳动者可查询当地劳动保障部门发布的规范性文件，确认具体要求；
  
• 用人单位应在劳动合同或规章制度中明确工时制度及加班费支付标准，避免纠纷。

四、实务操作建议

1. 劳动者：
   
   • 保留考勤记录、工资条等证据，证明加班事实；
     
   • 若用人单位未支付加班费，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
2. 用人单位：
   
   • 依法履行审批程序，明确工时制度；
     
   • 在劳动合同中约定加班费计算基数（通常为本人工资），避免争议；
     
   • 合理安排调休，减少加班费支出。

总结：做一休一制下，节假日调休日加班是否支付加班费，需结合工时制度性质、节假日类型及地方规定综合判断。若涉及法定休假日，通常需支付300%加班费；若为休息日且未补休，则需支付200%加班费。如有疑问，可直接向我咨询具体案例。