双休日工作12小时的加班费计算需分两种情况讨论，具体如下：

1. 若用人单位未安排调休
   根据《劳动法》第四十四条第二项规定，休息日（即双休日）安排劳动者工作且不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。
   计算方式：
   

• 日工资标准：月工资÷21.75天（月计薪天数）
  
• 小时工资标准：日工资÷8小时
  
• 加班费公式：12小时×小时工资×200%
  示例：若月工资为5000元，则日工资为5000÷21.75≈229.89元，小时工资为229.89÷8≈28.74元，12小时加班费为12×28.74×2=689.76元。

1. 若用人单位已安排调休
   若用人单位在后续工作周内安排了补休（如工作日休息1天），则无需支付加班费。但需注意：
   

• 调休需在合理期限内安排（通常为1个月内），逾期未调休仍需支付加班费；
  
• 调休需与加班时间等时对应（如加班12小时需调休12小时，而非仅调休1天）。

特殊提醒：

• 双休日加班的12小时中，若包含法定节假日（如国庆节、春节等），则法定节假日部分需按300%支付加班费；
  
• 加班时长不得超过《劳动法》第四十一条规定的“每日不超过3小时、每月不超过36小时”的限制，否则用人单位可能面临行政处罚。
  

建议：若用人单位未依法支付加班费，可先与单位协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例，可直接向我咨询细节。